Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaatgtctattgattttgtcttttaaacgaacgtcttatgttgagctgcaagcatttatttattgaacttaggatggtatttctatctagtaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S450_21V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S450_21V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ10919 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaatgtctattgattttgtcttttaaacgaacgtcttatgttgagctgcaagcatttatttattgaacttaggatggtatttctatctagtaa
|| ||||||||  |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||  |  | |  || |||        |    |||  ||   || | |    | ||| ||                                         
GTTTACAAGGCTCGAGATGTTGGAGTGAACAGCGTTGTTCTCTTTCCCAAAATTCCAGACGCTCTCAAGgtatgtgctagatcaattccaagcaccgaaaaaagaaagtgctcaagcattg-tgccag-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67719128|gb|BJ969387.1|BJ969387
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAN                         TCCTCAACTGGANATGANGCTTACAACCCCNATGGNCTGGTTCCACNNTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|208362694|gb|DC931059.1|DC931059
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGANGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|208354190|gb|DC902446.1|DC902446
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAAGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|162234870|gb|FC410643.1|FC410643
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTCCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100423621|gb|BY958333.1|BY958333
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100386209|gb|BY987876.1|BY987876
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100379688|gb|BY949894.1|BY949894
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|162163264|gb|FC339382.1|FC339382
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTCCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100369089|gb|BY985015.1|BY985015
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTTAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGG-TTACAACCCCGATG
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATG
EST: gi|162218488|gb|FC395065.1|FC395065
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTCCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100363338|gb|BY984475.1|BY984475
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGG
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGG
EST: gi|208400620|gb|DC904596.1|DC904596
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGANGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTCCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100388664|gb|BY970812.1|BY970812
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAA-GTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTG
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTG
EST: gi|100370598|gb|BY948423.1|BY948423
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCCTCA-CTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGGTGGGCTGGTTCCACGGTG
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCC-TCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTG
EST: gi|208344405|gb|DC912764.1|DC912764
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100436499|gb|BY961248.1|BY961248
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAANGT-CCCGACGCGCTTTAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTT
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTT
EST: gi|162268623|gb|FC443677.1|FC443677
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|162227018|gb|FC403362.1|FC403362
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTCCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|67727441|gb|BJ977700.1|BJ977700
EST:     CAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: CAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|100357521|gb|BY946437.1|BY946437
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
EST: gi|162176323|gb|FC353508.1|FC353508
EST:     TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTCCCCGACGCGCTTAAG                         TCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC
genomic: TTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 27 (downstream exon)
Score: 3

GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAGgtgagctcaa ... cttcgtgcagTCCTCAACTGGAGATGAGGCTTACAACCCCGATGGGCTGGTTCCACGGTGCATTCGGTTACTCAAAGACAAATTCCCTGATTTG




<











<


<