Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgagactgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatatctcgaatacgtgaatttt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S41_146V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgaga--ctgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatat-ctcgaatacgtgaatttt
                                             ||| |||||||| ||  |  | ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||  |  ||       | || ||| ||||   ||| || ||   || ||  |||     ||   | |    | ||    || |  || |||||         
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcc------tgtgcactatgagggtctgttcattttctgatg--attggtgaat--gcatgtcgacagccttatttgttctaatacag-------

upper sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074300_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgaga--ctgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatat-ctcgaatacgtgaatttt
||| |||||||| ||  |  | ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||  |  ||       | || ||| ||||   ||| || ||   || ||  |||     ||   | |    | ||    || |  || |||||         
GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcc------tgtgcactatgagggtctgttcattttctgatg--attggtgaat--gcatgtcgacagccttatttgttctaatacag-------

upper sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgagactgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatatctcgaatacgtgaatttt
                                             ||||||||| || ||  |  | |   | |||||||| ||||||||||||||||||||   | |||  |  | ||  | ||  ||   || || ||   | ||| |   | ||    | |||     |      | ||  |               
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctt--tgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag-------------

upper sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgagactgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatatctcgaatacgtgaatttt
||||||||| || ||  |  | |   | |||||||| ||||||||||||||||||||   | |||  |  | ||  | ||  ||   || || ||   | ||| |   | ||    | |||     |      | ||  |               
GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtgagtgttcctt--tgtacttcctgagaacatgttcatttgttagtgaatgcatctcgacagcctttgtctcttttaaaataacag-------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208344994|gb|DC925404.1|DC925404
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162217138|gb|FC392502.1|FC392502
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|22132093|gb|BQ826977.1|BQ826977
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162246681|gb|FC425274.1|FC425274
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|19788800|gb|BQ040933.1|BQ040933
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|19778407|gb|BQ039307.1|BQ039307
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162220065|gb|FC395385.1|FC395385
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|18341437|gb|BJ173472.1|BJ173472
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|19789239|gb|BQ041187.1|BQ041187
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|7584291|gb|AW700187.1|AW700187
EST:     GGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162259170|gb|FC435203.1|FC435203
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|67704473|gb|BJ964706.1|BJ964706
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162254129|gb|FC429653.1|FC429653
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|37823259|gb|BJ581325.1|BJ581325
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162230909|gb|FC406748.1|FC406748
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|67693697|gb|BJ953930.1|BJ953930
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|18340896|gb|BJ172927.1|BJ172927
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162231360|gb|FC406783.1|FC406783
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162211610|gb|FC387690.1|FC387690
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|15320201|gb|BI487912.1|BI487912
EST:     GGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162220064|gb|FC395384.1|FC395384
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162250244|gb|FC425495.1|FC425495
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162250245|gb|FC425496.1|FC425496
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162279949|gb|FC456135.1|FC456135
EST:     GCTATGGAGTGTTAAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162217139|gb|FC392503.1|FC392503
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162153703|gb|FC329106.1|FC329106
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162246682|gb|FC425275.1|FC425275
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|208367708|gb|DC947386.1|DC947386
EST:     GCTATGGGGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|7067440|gb|AW497295.1|AW497295
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|208379087|gb|DC911612.1|DC911612
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|208389218|gb|DC933246.1|DC933246
EST:     GCTATGGGGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|7147663|gb|AW509634.1|AW509634
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162230908|gb|FC406747.1|FC406747
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162203874|gb|FC379971.1|FC379971
EST:     ATGGAGAGCGGTG-CAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: ATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|67575972|gb|BJ948796.1|BJ948796
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162211611|gb|FC387691.1|FC387691
EST:     TATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGNGTTGTGAAG                         GTCATTGTCAGTGGAAA
genomic: TATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGG-GTTGTGA-Ggttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAA
EST: gi|18344067|gb|BJ176106.1|BJ176106
EST:     TATGGAAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAA
genomic: TATGGA-GTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGG-TTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAA
EST: gi|67570422|gb|BJ943246.1|BJ943246
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162203875|gb|FC379972.1|FC379972
EST:     ATGGAGAGCGGTG-CAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: ATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
EST: gi|162153702|gb|FC329105.1|FC329105
EST:     GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC
genomic: GCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 54

GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattc ... ggaattgtagGTCATTGTCAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGAGCCAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGCTACATGATTTCATCAGGAAGCCCCGTCAACGATTACATCG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgagactgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatatctcgaatacgtgaatttt

- - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatagaaa