Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTTTACTCACCATTTATGTAGTGGGTGGCGGCATGCTCACATTTGCTGCTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgcttacaacccatgagtatgtggcagaatagttgttcaggtggtgctgtttaagaactacgtcttctattaagcgtatcctcatcgtaaatttc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S226_55V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208375016|gb|DC956412.1|DC956412
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG                         GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: gi|162257420|gb|FC433502.1|FC433502
EST:     GAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG                         GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: GAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: gi|208388295|gb|DC949295.1|DC949295
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG                         GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: gi|37851348|gb|BJ609356.1|BJ609356
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG                         GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: gi|37826866|gb|BJ584878.1|BJ584878
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG                         GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT