Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGAACAGAATGCACCGATCGGCGCTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttgatttcgtctttcaaacgcactagttgcttatccactgaagccagttttcatgtgtccttacatacagccttgttgtacagttcgtggcaatgtctggtggatcttggctccggtactgatttaggtcacaacattcttctgatgtcggtaaacatgcattttcgctgccag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S219_94V6.4
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162250292|gb|FC425946.1|FC425946
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162166620|gb|FC343512.1|FC343512
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|100384135|gb|BY950521.1|BY950521
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162190655|gb|FC367541.1|FC367541
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162154906|gb|FC331948.1|FC331948
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162186428|gb|FC362984.1|FC362984
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162166262|gb|FC342855.1|FC342855
EST:     CTATGCCGGGATGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162150373|gb|FC326645.1|FC326645
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162157382|gb|FC333484.1|FC333484
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162179122|gb|FC355587.1|FC355587
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|208394292|gb|DC904112.1|DC904112
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162177008|gb|FC353685.1|FC353685
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162270868|gb|FC446897.1|FC446897
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
EST: gi|162156546|gb|FC332154.1|FC332154
EST:     CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA
genomic: CTATGCCGGGTTGCCAGCGTCTCGGATGGCGTCATGGGCTTATTGATGAGgtataccttg ... tcgctgccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTCAACAGTGTTGTTCTTTTTCCCAAA