Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAGAACCATATCAACTTGGTCGTCGTAAACAATGTCCCACTGTTCTTTAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaagcaatcaatcctgaacttgttccttcatacttgagggtggtcagctgcatcattttgatttaaattgtgtgttatactaagcgatgagaagtgaatccatgaagtgaattaatcgtcttttttccgtggtaaaag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S215_25V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208376363|gb|DC932273.1|DC932273
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|18356615|gb|BJ188674.1|BJ188674
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|208345629|gb|DC909299.1|DC909299
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|162259779|gb|FC436759.1|FC436759
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|18343486|gb|BJ175524.1|BJ175524
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|22132705|gb|BQ827296.1|BQ827296
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|18357148|gb|BJ189207.1|BJ189207
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|208371667|gb|DC932496.1|DC932496
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|162259765|gb|FC436758.1|FC436758
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|162221749|gb|FC397081.1|FC397081
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|67578005|gb|BJ950172.1|BJ950172
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|37822681|gb|BJ580747.1|BJ580747
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|208365150|gb|DC946779.1|DC946779
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|22492644|gb|BU052567.1|BU052567
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|208354986|gb|DC914250.1|DC914250
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|162228094|gb|FC404649.1|FC404649
EST:     TTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|208382460|gb|DC927994.1|DC927994
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|18350245|gb|BJ182296.1|BJ182296
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|67693833|gb|BJ954066.1|BJ954066
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|18332428|gb|BJ164441.1|BJ164441
EST:     TAATGTGTGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
EST: gi|162221748|gb|FC397080.1|FC397080
EST:     TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCTTACGACTTTTGCACCAAT                         ATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG
genomic: TAATGTGCGGGATGGGCCTTATATGCCTACCCTACGACTTTTGCACCAATgtaggtcaaa ... gtggtaaaagATCCAGGAATTATGAAGAAATTCCGTGTAGATAGAGGAGCTATCAAATTTG