Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCATATTCATGCACGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttctactttgtcggatcttgtagactccatcagtttttgtttcgtatttgagtgctgcggcaattggtaacttaccaattgctgaggcacagaaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S211_21V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208391186|gb|DC938160.1|DC938160
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|162160478|gb|FC336868.1|FC336868
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|208393338|gb|DC942464.1|DC942464
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|208365856|gb|DC955459.1|DC955459
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|67579063|gb|BJ951214.1|BJ951214
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|162221639|gb|FC397864.1|FC397864
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|208366092|gb|DC951209.1|DC951209
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
EST: gi|162160477|gb|FC336867.1|FC336867
EST:     CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTG                         ATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA
genomic: CGTGCCTCCTTTGCACCCGCACATCTACAGCAATGGCCATATATGTCTTGgtgagttcta ... gtttcaccagATATTCTTTATGACTCTTGGTCACCAGCAATGACCGTGAGTTCTATCTGCA