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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcctttccttcgcacatgtttctttaactatgtagtagtggttactgttctgattcattttttcctgtagtggtttgttgatatctatgctgcttcaccagttatacgatttacggttttttcctctctaacttttcgattgatctgctttcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S204_22V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100389909|gb|BY971261.1|BY971261
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
EST: gi|18328336|gb|BJ160340.1|BJ160340
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
EST: gi|18327270|gb|BJ159272.1|BJ159272
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAA
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAA
EST: gi|18329206|gb|BJ161212.1|BJ161212
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
EST: gi|18374970|gb|BJ206548.1|BJ206548
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAA
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAA
EST: gi|100396548|gb|BY990180.1|BY990180
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
EST: gi|18343567|gb|BJ175605.1|BJ175605
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
EST: gi|18329759|gb|BJ161765.1|BJ161765
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAA
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAA
EST: gi|18358397|gb|BJ190456.1|BJ190456
EST:     AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT                         TGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC
genomic: AATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTTgtaagagcct ... ctgctttcagTGATGCTAGTAACAACAACATCGAAGGAAATATTCCTCAACAGTTTCCTAC