1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGTTGTAGGGAAGTAGCTGCGGAGTATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttccatactttgtgcgtttgaattgactgtatatcctacaatctaattgacagtcttaaaatcaggcatacttaaaaacgaggtcttcaagga...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S199_33V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATCNTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|18340057|gb|BJ172085.1|BJ172085
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|67726238|gb|BJ976497.1|BJ976497
genomic: ATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162174845|gb|FC351637.1|FC351637
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|100356789|gb|BY965281.1|BY965281
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACNATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACC-ATCATTGTTTGATGTNGT-GGTGATGCCTAATEST: gi|37853210|gb|BJ611218.1|BJ611218
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGT-GTTGGTGATGCCTAAT
EST: TCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162235877|gb|FC411620.1|FC411620
genomic: TCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|67725138|gb|BJ975397.1|BJ975397
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATTCTTTAEST: gi|100394804|gb|BY989933.1|BY989933
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAA-TCTTTA
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TGGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGAEST: gi|67696691|gb|BJ956924.1|BJ956924
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGA
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162261041|gb|FC437435.1|FC437435
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|208375010|gb|DC956406.1|DC956406
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162182686|gb|FC359433.1|FC359433
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: CGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|208361101|gb|DC957552.1|DC957552
genomic: CGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|37836533|gb|BJ594541.1|BJ594541
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATNGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCNTAATCTTTATEST: gi|18336310|gb|BJ168332.1|BJ168332
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162155666|gb|FC331279.1|FC331279
genomic: ATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162261042|gb|FC437436.1|FC437436
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|37826181|gb|BJ584193.1|BJ584193
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATNGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTNGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|67724281|gb|BJ974540.1|BJ974540
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: GTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|37844324|gb|BJ602332.1|BJ602332
genomic: GTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: TGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|162174844|gb|FC351636.1|FC351636
genomic: TGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|208385227|gb|DC923593.1|DC923593
genomic: ATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATEST: gi|208367531|gb|DC954963.1|DC954963
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGTAGGGAAGTAGCTGCGGAGTATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttccatactttgtgcgtttgaattgactgtatatcctacaatctaattgacagtcttaaaatcaggcatacttaaaaacgaggtcttcaagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaacga