Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAGCAATAAATACCACCATTCAAGACGTTCGGGAGTTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatctatccttcatttgtcatcagatttctcttagattggtgtcctctgtggtcctgtgacatccttcgcttgaatttgatttcggttattccc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S168_28V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162168142|gb|FC343832.1|FC343832
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37847066|gb|BJ605074.1|BJ605074
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATNTATATGNTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37837708|gb|BJ595716.1|BJ595716
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37850559|gb|BJ608567.1|BJ608567
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|162174369|gb|FC350440.1|FC350440
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37842166|gb|BJ600174.1|BJ600174
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37827266|gb|BJ585278.1|BJ585278
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|18338077|gb|BJ170101.1|BJ170101
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37845300|gb|BJ603308.1|BJ603308
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|37827044|gb|BJ585056.1|BJ585056
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
EST: gi|162167676|gb|FC343990.1|FC343990
EST:     TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACC                         ATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA
genomic: TTCTTGCAGCATATTGTGGATTCCACCAACATGAAGTGTCTCACTCCACCgtaagtaatc ... tgatgcgcagATCTGCTATGGAAGGTGATTGTGGCTTCTTGGCTGCAAATCTATATGCTAA