ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg...

Basic information

species	Physcomitrella patens
transcript	PP1S127_74V6.1
intron #	4
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2

---------------------------------------------GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg
                                             ||| || || || || ||  | ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    | |  | |       |||| |    | |    |  | ||| | | | |     ||    |    | | | |   ||||      ||||  |   
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt----tagtgctcctgtgcactatgagggtctg----ttcattttctgatgattggtgaatgcat---gtcg-acagccttatttgttctaatacag--

upper sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G074300_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3

GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg
||| || || || || ||  | ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    | |  | |       |||| |    | |    |  | ||| | | | |     ||    |    | | | |   ||||      ||||  |   
GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt----tagtgctcctgtgcactatgagggtctg----ttcattttctgatgattggtgaatgcat---gtcg-acagccttatttgttctaatacag--

upper sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099352_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1

---------------------------------------------GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg-
                                             |||||| ||||| || ||  | |   |||||||||| ||||||||||||||||||||  || || ||| |           | |||| || ||  |  |  ||   ||||  |||      | ||  ||      || |      |||  ||||  
CAGTTAGTCCAGTTCCCGCTACTGACACGCGTGTTTCCTGGCCAGGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt--gagtgttcctttg--------tacttcctgagaacatgttcattt--gttagtgaatgcatctcgacagcct----ttgtctcttttaaaataacag

upper sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3

GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg-
|||||| ||||| || ||  | |   |||||||||| ||||||||||||||||||||  || || ||| |           | |||| || ||  |  |  ||   ||||  |||      | ||  ||      || |      |||  ||||  
GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt--gagtgttcctttg--------tacttcctgagaacatgttcattt--gttagtgaatgcatctcgacagcct----ttgtctcttttaaaataacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|208397377|gb|DC916331.1|DC916331

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208366353|gb|DC947563.1|DC947563

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162201214|gb|FC378449.1|FC378449

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18357986|gb|BJ190045.1|BJ190045

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGC

EST: gi|162269608|gb|FC445567.1|FC445567

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208345907|gb|DC901792.1|DC901792

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|37840022|gb|BJ598030.1|BJ598030

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208390380|gb|DC933425.1|DC933425

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18362800|gb|BJ194872.1|BJ194872

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208392807|gb|DC953704.1|DC953704

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67719364|gb|BJ969623.1|BJ969623

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGNAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67710084|gb|BJ965848.1|BJ965848

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162250491|gb|FC428394.1|FC428394

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208369055|gb|DC931301.1|DC931301

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTACTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208390220|gb|DC949488.1|DC949488

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|100396698|gb|BY953782.1|BY953782

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|37833211|gb|BJ591223.1|BJ591223

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67726750|gb|BJ977009.1|BJ977009

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162228424|gb|FC405244.1|FC405244

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208389753|gb|DC938315.1|DC938315

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67720656|gb|BJ970915.1|BJ970915

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|37822438|gb|BJ580504.1|BJ580504

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18375462|gb|BJ207040.1|BJ207040

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208389554|gb|DC945806.1|DC945806

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTACTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|15729243|gb|BI741216.1|BI741216

EST:     GTTACTGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208359816|gb|DC938921.1|DC938921

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208368268|gb|DC951520.1|DC951520

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67724111|gb|BJ974370.1|BJ974370

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGNTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208360035|gb|DC934924.1|DC934924

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67716966|gb|BJ967225.1|BJ967225

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208354216|gb|DC902458.1|DC902458

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18343235|gb|BJ175273.1|BJ175273

EST:     TACGGAAGTGCTGAGGTTCATTAATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGANCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TACGGA-GTGCTGAGGTTCATTA-TGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162250490|gb|FC428393.1|FC428393

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208393922|gb|DC938477.1|DC938477

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162269609|gb|FC445568.1|FC445568

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18327450|gb|BJ159453.1|BJ159453

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208365722|gb|DC935791.1|DC935791

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208347898|gb|DC917605.1|DC917605

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208370047|gb|DC948128.1|DC948128

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208357230|gb|DC942780.1|DC942780

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18338708|gb|BJ170732.1|BJ170732

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|37850730|gb|BJ608738.1|BJ608738

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67727659|gb|BJ977918.1|BJ977918

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208392206|gb|DC949596.1|DC949596

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67718572|gb|BJ968831.1|BJ968831

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162178849|gb|FC354781.1|FC354781

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208394797|gb|DC915618.1|DC915618

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208393333|gb|DC904007.1|DC904007

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208384056|gb|DC919612.1|DC919612

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208351580|gb|DC905729.1|DC905729

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|100385509|gb|BY969846.1|BY969846

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGTTCGTGCTAAGTCCATGAAGGTT
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAG-TT

EST: gi|208379651|gb|DC903706.1|DC903706

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67718261|gb|BJ968520.1|BJ968520

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162201213|gb|FC378448.1|FC378448

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18344144|gb|BJ176183.1|BJ176183

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGANCGNAAANCTGCNTGCANCTCGTGCTAA
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAA

EST: gi|208364553|gb|DC930943.1|DC930943

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208366877|gb|DC951364.1|DC951364

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|162278152|gb|FC454387.1|FC454387

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18369419|gb|BJ201506.1|BJ201506

EST:     TTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAAAAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGA-GCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208371435|gb|DC955771.1|DC955771

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208374394|gb|DC940695.1|DC940695

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208387160|gb|DC945459.1|DC945459

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18335712|gb|BJ167733.1|BJ167733

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208392633|gb|DC933991.1|DC933991

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|18356278|gb|BJ188337.1|BJ188337

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTT
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTT

EST: gi|208368343|gb|DC935684.1|DC935684

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67727005|gb|BJ977264.1|BJ977264

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|208386141|gb|DC949052.1|DC949052

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

EST: gi|67725485|gb|BJ975744.1|BJ975744

EST:     GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 1 RNA-Seqlibrary.

Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 55

GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattgg ... ttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

<

<

<

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaaaaat