Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGTTCTCATCTTCAGCAACAGTGTACGGACAACCGGAGTGCGTACCTTGTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatcagcgtcagaagtctagagacgttgtgagggcagaatgtagcgacacaggcatcagtttgttttgacgaaattggtgaagactttgtgattgtaaggtcacgtttgggtgccgcactggaatatgtgaacgagggcttaaggttcgatgtggaacttgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_67V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208351996|gb|DC925805.1|DC925805
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|208377704|gb|DC932240.1|DC932240
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
EST: gi|208375758|gb|DC936698.1|DC936698
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|100385898|gb|BY951092.1|BY951092
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCT-ACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTA-TGAAGAC
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGAC
EST: gi|208387323|gb|DC933074.1|DC933074
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
EST: gi|162192491|gb|FC369121.1|FC369121
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|162192001|gb|FC367214.1|FC367214
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|208361787|gb|DC935027.1|DC935027
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCA
EST: gi|100412866|gb|BY992475.1|BY992475
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAG
EST: gi|100435311|gb|BY979179.1|BY979179
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACNGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGA
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGA
EST: gi|162231058|gb|FC406169.1|FC406169
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|100423654|gb|BY976496.1|BY976496
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAG                         CTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|100369386|gb|BY948074.1|BY948074
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAGTCCTTACGGCCGCACCNAG                         CTTTTTTATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
EST: gi|100365706|gb|BY948371.1|BY948371
EST:     GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCNAG                         CTTTTTNATGANGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG
genomic: GTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatca ... acttgtgcagCTTTTTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGATTCAGAATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTGTTCTCATCTTCAGCAACAGTGTACGGACAACCGGAGTGCGTACCTTGTACAGAGGACTATCCACTCCATGTCATGAATCCTTACGGCCGCACCAAGgtactcatcagcgtcagaagtctagagacgttgtgagggcagaatgtagcgacacaggcatcagtttgttttgacgaaattggtgaagactttgtgattgtaaggtcacgtttgggtgccgcactggaatatgtgaacgagggcttaaggttcgatgtggaacttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA