Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGTGTATGACTTGCGCCATATGCAACAAGCTGAACAGATCCGCGAATCGTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgtttcaaccctttagaaacattcactcagactgatggcaatgtcggtgtaaacatgcatgactatgtctacctcttttcaaattttctctgtgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S70_190V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162157029|gb|FC333391.1|FC333391
EST:     GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|208382641|gb|DC923241.1|DC923241
EST:     GTCCTTAAAGTATCAAACTCGNTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|208353625|gb|DC946363.1|DC946363
EST:     AAGTATCAAACTCGNTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: AAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|208354143|gb|DC957391.1|DC957391
EST:     CCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAAATGGCCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGAT
genomic: CCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCG-AATGG-CACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGAT
EST: gi|162278202|gb|FC454437.1|FC454437
EST:     GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|67726764|gb|BJ977023.1|BJ977023
EST:     TTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: TTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|208367368|gb|DC951286.1|DC951286
EST:     GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GNTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
EST: gi|162193204|gb|FC369964.1|FC369964
EST:     GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAG                         GTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA
genomic: GTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 18 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 6

ACAGTGTATGACTTGCGCCATATGCAACAAGCTGAACAGATCCGCGAATCGTCCTTAAAGTATCAAACTCGTTGCGTGCGTTGTTATCCGAATGGCACAGgcatgcgttt ... ggcatggcagGTTATGCTCTCAGTTCCGTAGAAGGCCGGGTTGCTATGGAGTTCTTTGATATGTCTGATGCGGGTCAAGCAAAGAA




<











<


<