Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTATACTCACCATCATTGTCGTAGGTGGTGGCCTGTTAATGTTTGCGGCTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATGgtgcgtgttctcaacctacaagtttctattttgaattttatctttggtttattttttaaaattccctttccgcagaacaccttgcagcatagttgtcttg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S68_188V6.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19778182|gb|BQ039272.1|BQ039272
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATG                         GTGTATGTATGGAGTA
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATGgtgcgtgttc ... gactcggcagGTGTATGTATGGAGTA
EST: gi|19789674|gb|BQ041445.1|BQ041445
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATG                         GTGTATGTATGGAGTAAGCGCAACCCTCATGTACAAATGAGTTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATGgtgcgtgttc ... gactcggcagGTGTATGTATGGAGTAAGCGCAACCCTCATGTACAAATGAGTTTTCTTGGT
EST: gi|100414138|gb|BY975099.1|BY975099
EST:     CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATG                         GTGTATGTATGGAGTAAGCGCAACCCTCATGTACAAATGAGTTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTCTTCCTTAGCAACTCCCTTACTTTCATGATGgtgcgtgttc ... gactcggcagGTGTATGTATGGAGTAAGCGCAACCCTCATGTACAAATGAGTTTTCTTGGT