1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
ATGAAAGTGCGAACATTTCAGATTATCGTCATGCAGGGTCTAGTGGGATCATTGCCATGGACGGCTATGGTTTTTTTCACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactacacatgacctgttaatatcccttagccaaatactgtcgtgaatgaactttctaatgacatcgtattcttatgccacttatggatattgtctaggcgctatccatgttgcttacactcctaaactttctttcttgaatatctcgatctgaatcagaacctcacgagctgtctcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S55_231V6.3 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTGCCATGGACGGCTATGGNNNNNNNCACAATGTGGTTGGAGCTTATTG GTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCTEST: gi|37821142|gb|BJ579208.1|BJ579208
genomic: ATTGCCATGGACGGCTATGGTTTTTTTCACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactac ... gctgtctcagGTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCT
EST: ATTGCCATGGACGGCTATGGNNNNNNNCACAATGTGGTTGGAGCTTATTG GTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCNTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCTEST: gi|162158998|gb|FC334013.1|FC334013
genomic: ATTGCCATGGACGGCTATGGTTTTTTTCACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactac ... gctgtctcagGTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCT
EST: ATTGCCATGGACGGCTATGGNNNNNNNCACAATGTGGTTGGAGCTTATTG GTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCTEST: gi|162176157|gb|FC351093.1|FC351093
genomic: ATTGCCATGGACGGCTATGGTTTTTTTCACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactac ... gctgtctcagGTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCT
EST: CACAATGTGGTTGGAGCTTATTG GTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCT
genomic: CACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactac ... gctgtctcagGTTTTGGACACAAAGCTGCAGCAAGCCTAATGAGCCTATTCTCCGCTGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGAAAGTGCGAACATTTCAGATTATCGTCATGCAGGGTCTAGTGGGATCATTGCCATGGACGGCTATGGTTTTTTTCACAATGTGGTTGGAGCTTATTGgtgagactacacatgacctgttaatatcccttagccaaatactgtcgtgaatgaactttctaatgacatcgtattcttatgccacttatggatattgtctaggcgctatccatgttgcttacactcctaaactttctttcttgaatatctcgatctgaatcagaacctcacgagctgtctcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT