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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTAGTGAAAGTGCGACTTCAGTCTGAGGGCAAGCTACCTCCCGGTGTCCCCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctccacggccaattaccataaatatttcaagtttttttcgttacagtcacggtgataaattgctctcgcttgacgtggttgagcaggtaacaagagacatttttgtgctacggtatttaagtccactctgatttcattttctggtatttcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S54_186V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208374000|gb|DC944733.1|DC944733
EST:     CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
genomic: CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
EST: gi|208372592|gb|DC944599.1|DC944599
EST:     TACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
genomic: TACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
EST: gi|162230432|gb|FC407087.1|FC407087
EST:     CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
genomic: CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
EST: gi|100428683|gb|BY959381.1|BY959381
EST:     CCCGCCGCTACAGCGGCGCTTTGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCCCAAAATTGGGGACTG
genomic: CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTG
EST: gi|162158108|gb|FC333903.1|FC333903
EST:     CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
genomic: CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
EST: gi|162272364|gb|FC449029.1|FC449029
EST:     CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAG                         GAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC
genomic: CCCGCCGCTACAGCGGCGCTATGAATGCTTATTCGACTATTGTCAAGCAGgttaaagctc ... ggtatttcagGAAGGTTTCACAAAATTGTGGACTGGGCTTGGTCCAAACGTTGCTCGTAAC