Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGGGCTTTGTCTACGAGAAATGACAGTCCACAAACTGCCTCCAGACCTTGGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgtcggtcctgcttgtttgttggttgctgtagacttagcagatagttttggatttttgaaaccaagcggtgtgtgtagatcagttgcgggtaggattgcttgtttttgtgcgatcatgctaattcttgtggtaatcgtttgatctatgaag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S52_45V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S52_45V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G02850.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CAGGGCTTTGTCTACGAGAAATGACAGTCCACAAACTGCCTCCAGACCTTGGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgtcggtcctgcttgtttgttggttgctgtagacttagcagatagttttggatttttgaaaccaagcggtgtgtgtagatcagttgcgggtaggattgcttgtttttgtgcgatca-tgctaattcttgtggtaatcgtttgatctatgaag
|||||||||||||   ||||| ||    ||  | |  || || ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||  ||||||||||||||   |  |    ||    | ||  ||    ||| || |   | |   ||   | | | || | || | |   ||  |      |  ||||   | |   |   |||  |||||| |    | ||  || |    |    |||  |  |   |  |||
CAGGGCTTTGTCTCACAGAAACGAAGACCCCAAGAAGGCTTCAAGACCATGGGACAAAGATCGTGATGGTTTTGTGATGGGTGAAGGCTCTGGTGTGCTGgtagaaacttgaacccaaaattttcttttac-gctatatatacatctttta--ctagtaattctaaagcaatatggccta-----acaagtttttgttttaa---cttacttttgttcacctaatgacaacttgattctctatcactgaaa--aaaaag

upper sequence: PP1S52_45V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA05G36690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CAGGGCTTTGTCTACGAGAAATGACAGTCCACAAACTGCCTCCAGACCTTGGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgtcggtcctgcttgtttgttggttgctgtagacttagcagatagttttggatttttgaaaccaagcggtgtgtgtagatcagttgcgggtaggattgcttgtttttgtgcgatca-tgctaattcttgtggtaatcgtttgatctatgaag---
|||||||||||||   || |||||  | ||  | |  || || ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||  |||||||||||||| | |  | |  ||      ||| ||     |  ||  | |      | | |    ||| |       ||||  | ||  |  |  ||||   | |   |   |||  |||||| |    | ||  || |    |    |||    ||   |  ||    
CAGGGCTTTGTCTCACAGGAATGAAGGCCCCAAGAAGGCTTCAAGACCATGGGACAAAGATCGTGATGGTTTTGTGATGGGTGAAGGCTCTGGTGTGCTGgta-gaaccttgaacccaaaattttcttttacaccatatgcatctt---ttgctagcaattcta------aagcaatatggcttaacaagtttttgttttaa---cttacttttgttcacctaatgacaacttgattctctatcaccggaaaaaaaaaaaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208385483|gb|DC956667.1|DC956667
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67727266|gb|BJ977525.1|BJ977525
EST:     GGGATAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208363380|gb|DC946978.1|DC946978
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162231218|gb|FC407005.1|FC407005
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67724954|gb|BJ975213.1|BJ975213
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCNGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208386909|gb|DC956906.1|DC956906
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCANTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208386836|gb|DC953503.1|DC953503
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162183531|gb|FC359629.1|FC359629
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162226789|gb|FC403822.1|FC403822
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162254133|gb|FC429657.1|FC429657
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTACTG                         GTTATGGAAAGTTTAGAGCACGCATTGAAATGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208399439|gb|DC924869.1|DC924869
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208394499|gb|DC953538.1|DC953538
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208387574|gb|DC953316.1|DC953316
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|37851675|gb|BJ609683.1|BJ609683
EST:     GGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208366252|gb|DC943812.1|DC943812
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|18337911|gb|BJ169935.1|BJ169935
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162166325|gb|FC342918.1|FC342918
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67725320|gb|BJ975579.1|BJ975579
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|37850094|gb|BJ608102.1|BJ608102
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC