Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACAGTGTTTAAGCAGGACCATTACCTTGCCAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccactaattctaccctactggaggataattgtgttggcctcgaatacactgaactcattatgatacaaaaagccagctttgtaaggatcatttgc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_12V6.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208351568|gb|DC909998.1|DC909998
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162159187|gb|FC334358.1|FC334358
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|100375450|gb|BY948872.1|BY948872
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTCCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162185024|gb|FC362470.1|FC362470
EST:     GACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: GACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|100434059|gb|BY978946.1|BY978946
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18348776|gb|BJ180825.1|BJ180825
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67568839|gb|BJ941663.1|BJ941663
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67571702|gb|BJ944526.1|BJ944526
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|100437911|gb|BY961558.1|BY961558
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162257953|gb|FC433839.1|FC433839
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162276463|gb|FC452466.1|FC452466
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGACAGTGTTTAAGCAGGACCATTACCTTGCCAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccactaattctaccctactggaggataattgtgttggcctcgaatacactgaactcattatgatacaaaaagccagctttgtaaggatcatttgc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atacaaaa