Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTATCAGTTTATTCAGCGGACATATCCAATTCATCCCATCATGATGGCGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtatttatgttggattatgaactcccagtcgattcattaggcaagccttcaacagacctaaactttagggttctatcgtctttggttcagacgtgg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S495_13V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208365510|gb|DC954751.1|DC954751
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|37850729|gb|BJ608737.1|BJ608737
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|162231669|gb|FC408262.1|FC408262
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|162231668|gb|FC408261.1|FC408261
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|162171757|gb|FC348426.1|FC348426
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|37851278|gb|BJ609286.1|BJ609286
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|18335242|gb|BJ167260.1|BJ167260
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
EST: gi|162195066|gb|FC368780.1|FC368780
EST:     CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATG                         GCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA
genomic: CGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 9

TTTTTATCAGTTTATTCAGCGGACATATCCAATTCATCCCATCATGATGGCGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtattt ... ttgtttgcagGCTTTAAGAGTTGTGTGGGTCTATCACATTACGTGGTTTGTGAACTCAGCATCTCATGTTTGGGGCTCACAAAAGTGGAATACGGGTGATTTATCAAGGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTTATCAGTTTATTCAGCGGACATATCCAATTCATCCCATCATGATGGCGGTGGCGCTGTATGTCATGGGTGGATTTCCTTACCTAATTTGGGGCATGgtaagtatttatgttggattatgaactcccagtcgattcattaggcaagccttcaacagacctaaactttagggttctatcgtctttggttcagacgtgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA