Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGCAGACGCAAATTACCACTGATCCCCCACGGGGAACCAGAGATTTTCCTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgcatacatttttaactgcatctgcaattgacatgaaccatgtcactgatcaacaatgacacgttgctccagtcactgaaagttattttgtagcgcttatgaatatttgcgtgcaaaactcttctttgcttccccaaagtgtagggtttgcgaagatgtccgctgattctgttgaatgatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S407_7V6.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67717425|gb|BJ967684.1|BJ967684
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18327268|gb|BJ159270.1|BJ159270
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|100388601|gb|BY970749.1|BY970749
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|162161524|gb|FC338731.1|FC338731
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18368288|gb|BJ200373.1|BJ200373
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18364681|gb|BJ196754.1|BJ196754
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18369465|gb|BJ201552.1|BJ201552
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|162184196|gb|FC360463.1|FC360463
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18325312|gb|BJ157308.1|BJ157308
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|67574848|gb|BJ947672.1|BJ947672
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18345047|gb|BJ177088.1|BJ177088
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|208354688|gb|DC934180.1|DC934180
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|208346695|gb|DC913341.1|DC913341
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|67577876|gb|BJ950043.1|BJ950043
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|100362562|gb|BY947415.1|BY947415
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|18351963|gb|BJ184015.1|BJ184015
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTANGTTGTTTGCATTTGANGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
EST: gi|67712636|gb|BJ966085.1|BJ966085
EST:     CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAG                         GTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG
genomic: CTCCTGAGGACATGCGCATGCGAACATGGCTCTTCGATAAATTTAGAGAGgttggacgca ... aatgatgcagGTGTCTAGGTTGTTTGCATTTGAGGAAGTTGACTTTCCGATGGTGGAATCG