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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACAGAGTCAATCTCTCACGGGGTGGACTCAAAATGCTTCTAACCCTTGTGGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgttatattccgagtagaaccttttcaaaatcttactggcgcagcatgctgtccttgctatctggatgagttcccttcactacttgtttataa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S204_22V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100389909|gb|BY971261.1|BY971261
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18328336|gb|BJ160340.1|BJ160340
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18359914|gb|BJ191975.1|BJ191975
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18368960|gb|BJ201045.1|BJ201045
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAA
EST: gi|18327270|gb|BJ159272.1|BJ159272
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18329206|gb|BJ161212.1|BJ161212
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18365684|gb|BJ197761.1|BJ197761
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18374970|gb|BJ206548.1|BJ206548
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|100396548|gb|BY990180.1|BY990180
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18368933|gb|BJ201018.1|BJ201018
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGT
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGT
EST: gi|18375288|gb|BJ206866.1|BJ206866
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18343567|gb|BJ175605.1|BJ175605
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18331546|gb|BJ163557.1|BJ163557
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTT
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTT
EST: gi|18329759|gb|BJ161765.1|BJ161765
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
EST: gi|18358397|gb|BJ190456.1|BJ190456
EST:     GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAAT                         CAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA
genomic: GGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 24 (upstream exon), 29 (downstream exon)
Score: 13

AACAGAGTCAATCTCTCACGGGGTGGACTCAAAATGCTTCTAACCCTTGTGGGCAGCAGTGGTACGGCGTTGTATGTGATGGCTCTTCTGTCACGGAAATgtaagaacgt ... tgtgttgcagCAAAATTGGAAGTCGGGGTTTGAATGGAAATTTTAATCCTTCGTACTTTCAAAACGCTTTTAAAAAGCTTCGAATTTT




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