Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGCTTTCGGCAAAACTTTCAAGTTGTCACAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtggagttttgaagatcaattatgttttcttttttaattttgtctaaaagccctcatgtctaaatttactgctgaagtcatgactgttaggatc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S186_65V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100389724|gb|BY952530.1|BY952530
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCG
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCG
EST: gi|162257528|gb|FC433558.1|FC433558
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
EST: gi|162275893|gb|FC451454.1|FC451454
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
EST: gi|162255457|gb|FC431871.1|FC431871
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
EST: gi|162197911|gb|FC373653.1|FC373653
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
EST: gi|18367296|gb|BJ199378.1|BJ199378
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
EST: gi|162165356|gb|FC341975.1|FC341975
EST:     CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAG                         ACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA
genomic: CAGTCTATGCTTCATTGGGATTAGATGCTCTTGCGCACTGTTTGAACGAGgtatgtgtgg ... atggttgcagACCGAAGCTGTCACCGTTATCTGTGACGACAAGCAATTGAAGAAGCTTATA