ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag

Basic information

species	Physcomitrella patens
transcript	PP1S174_48V6.1
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT4G13170.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttc------tcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | || |||||||| ||||  ||||||||||  || |||||  ||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | |  ||||       | |   ||| |  | ||| ||     | ||| || | ||  | | | ||  |  | || |  ||| |  | ||    |||                                                              
CCAAGCGTGGTGCTGCTGCACTTGCTCGCTTGAAGGTTTTTGAGGGAATCCCACCTCCTTACGACAAGATTAAGAGAATGGTTATTCCTGATGCTCTTAAgtaagttctcttttgtttttttgttatgttttgtttcatgattctgtaatagttaatgtc-caaatgtg--ttaatgatc--tgttgattttttaatcag--------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G24830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | || |||||||||||||  || |||||||  || ||||| || ||| ||||||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |   | |    |  |||   || |      || ||| |  || | |||  || | || ||       |||    || | | | |   |  ||||||| |  ||                                               
CCAAGCGTGGTGCTGCTGCTCTTGCACGTTTGAAGGTGTTTGAGGGAGTACCACCTCCTTATGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtaa--tgtttctgcaactttgttctatctt-----gtaattttggtt-atgtt--caatgtgttttagctgtcaact--ggttttcgttt--gttttgtttt-gtttag----------------------------------------------

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G48760.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | |||||||||||  | |  ||  |||||| ||  || ||||| ||  |||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| || |  | || |  || | | || | |       |  ||   ||    || ||   | |  |||| | |   |||     | |   ||  |   |  || ||                                                   
CGAAGCGTGGAGCTGCTGCATTAGCACGTCTGAAGGTATATGAAGGTGTTCCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCATCCCTGATGCTCTCAAgtttgtt--ccttttaccatt-tttgttcttc-----tcttttggatcc--gtaactgttctacttcgggcattgatg---attatcattgtggctcttcttcag---------------------------------------------------

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G07110.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | ||||||  ||| ||||  ||||||||||  || || || || ||  |||| || ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||     || | |   |  | | || |          ||  | |||   | |    |||  ||     || | |     | ||  ||| |   ||| ||    ||  |  ||||                                       
CTAAGCGTGGAGCTAATGCACTTGCCCGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTTCCTACTCCATATGACAAGATCAAGAGGATGGTCGTTCCTGATGCTCTCAAgtttgtccttttaccctttcattttcattttt--------tttcagtttccttcatt--tatactt-----acaagtagctacagtctctgaaactttgattcttccttcttgatcag--------------------------------------

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0005g06490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac--tttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | ||||| || || ||||  || |||||||| |  |||||  ||||  | || || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |     ||||||    |    | ||||    | |  || | | || || |     |   | || |       | ||  |   || |  |   ||||||    |||||  ||     ||  ||  | ||| |    |  ||            
CCAAGCGTGGAGCAGCAGCCCTTGCACGATTGAAGGCTTATGAGGGAATCCCTCCACCATATGATAAGATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCACTCAAgttagtttcttgtttctcttgattatcgttgtctctgaat--ttcttaattggggtttggtttcaagtctattgtttttttaatcatgtgttttaatcttgtttcttgctaattgat-----ttgatggttggttgaaataaaattag----------

upper sequence: PP1S174_48V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0029g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag
| ||| | ||||| || || ||||   | |||||||| | ||||||  | ||| |||| || || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | |  || | |   | | |    | | |     |  || | |||||||   ||  ||  ||||  |      | |  |   ||  |||   |   |||| |   ||| |                                           
CTAAGCGTGGAGCCGCAGCGCTTGCCAGATTGAAGGCTTACGAGGGGATTCCACCTCCATATGATAAGATGAAGAGGATGGTTATTCCTGACGCTCTCAAgtgagtt--ctgtatttgagttttattttttattttttattttttatttagg---cctata-aattcttg--ttggtttgagactttaatgcttgagatttttgggaaaatcag------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|67722679|gb|BJ972938.1|BJ972938

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162190256|gb|FC366414.1|FC366414

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162244387|gb|FC423834.1|FC423834

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18342098|gb|BJ174133.1|BJ174133

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18335192|gb|BJ167210.1|BJ167210

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|15327169|gb|BI487693.1|BI487693

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|19790450|gb|BQ041876.1|BQ041876

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|15320115|gb|BI487678.1|BI487678

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7047176|gb|AW477070.1|AW477070

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67718551|gb|BJ968810.1|BJ968810

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208377329|gb|DC927031.1|DC927031

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7047506|gb|AW477400.1|AW477400

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162222723|gb|FC398977.1|FC398977

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|19788522|gb|BQ040783.1|BQ040783

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7147939|gb|AW509861.1|AW509861

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|15730055|gb|BI741641.1|BI741641

EST:     CCAGCTCCTTACTACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162244386|gb|FC423833.1|FC423833

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67720038|gb|BJ970297.1|BJ970297

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208396589|gb|DC915901.1|DC915901

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37847561|gb|BJ605569.1|BJ605569

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37830887|gb|BJ588899.1|BJ588899

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7147969|gb|AW509891.1|AW509891

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAANCCTG-CCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGT
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAA-CCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGT

EST: gi|18343435|gb|BJ175473.1|BJ175473

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18331672|gb|BJ163683.1|BJ163683

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18330971|gb|BJ162977.1|BJ162977

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCT
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCT

EST: gi|19788980|gb|BQ041030.1|BQ041030

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162264557|gb|FC441178.1|FC441178

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7584197|gb|AW700095.1|AW700095

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208352447|gb|DC902050.1|DC902050

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37821176|gb|BJ579242.1|BJ579242

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67726988|gb|BJ977247.1|BJ977247

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162279052|gb|FC455079.1|FC455079

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162222722|gb|FC398976.1|FC398976

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37822633|gb|BJ580699.1|BJ580699

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162273291|gb|FC449259.1|FC449259

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18350508|gb|BJ182559.1|BJ182559

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162216966|gb|FC393084.1|FC393084

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGACGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67728130|gb|BJ978389.1|BJ978389

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162260392|gb|FC435031.1|FC435031

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|7147958|gb|AW509880.1|AW509880

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18352527|gb|BJ184581.1|BJ184581

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162273290|gb|FC449258.1|FC449258

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208394597|gb|DC928761.1|DC928761

EST:     CCAGCTCCTTANGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18351542|gb|BJ183594.1|BJ183594

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208349914|gb|DC913622.1|DC913622

EST:     CCANCTCCTTACNACAAAATGAANAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|15730139|gb|BI741693.1|BI741693

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162260391|gb|FC435030.1|FC435030

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18339614|gb|BJ171641.1|BJ171641

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162280007|gb|FC456193.1|FC456193

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67719867|gb|BJ970126.1|BJ970126

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162240502|gb|FC416029.1|FC416029

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67721300|gb|BJ971559.1|BJ971559

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162240503|gb|FC416030.1|FC416030

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67709376|gb|BJ965192.1|BJ965192

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162280006|gb|FC456192.1|FC456192

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162216965|gb|FC393083.1|FC393083

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGACGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208380106|gb|DC927385.1|DC927385

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162190257|gb|FC366415.1|FC366415

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37829828|gb|BJ587840.1|BJ587840

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|162264556|gb|FC441177.1|FC441177

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|18349098|gb|BJ181147.1|BJ181147

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|19779277|gb|BQ039419.1|BQ039419

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTACTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|37833961|gb|BJ591973.1|BJ591973

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|67728296|gb|BJ978555.1|BJ978555

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

EST: gi|208348613|gb|DC913271.1|DC913271

EST:     CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAA                         GGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC
genomic: CCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 1 RNA-Seqlibrary.

Block sizes: 35 (upstream exon), 30 (downstream exon)
Score: 22

CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaac ... atttatgcagGGTGTTGAGGCTGCAACCTGGCCACAAGTTCTGTTTGTTGGGTCGCTTGTCGGAGGAGGTTGGATGGCACCACTACGACACCATTAAG

<

<

<

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAAGAGGGGAGCTGCTGCTCTTGAGCGCTTGAAGGCATTCGAGGGTGTCCCAGCTCCTTACGACAAAATGAAGAGGATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAgtatgctaactttctcgcactgtctgatgtcaagaagtgattataatttaggttaccagtatgattcgaggaccaatgtaggctgttgctgcagaattgttttagactaataaatcaatgttattgtgtcgttcatgagacgttttatttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG