Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTGGCAGAAGTTCAGAGGGAATGAGAAGCCTCCGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaagtgtgggcgtgatgtgtttcagtttgcagtgaattcgtatctgttgcgccatcagtgggtgtgtagtaacacgtccagccacgtacgtgcgctggtaagtgcaagtgatgggcgtctgaagtttggaatgcgcgttttgtgttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S167_1V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100364022|gb|BY966287.1|BY966287
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|18348886|gb|BJ180935.1|BJ180935
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|162239319|gb|FC415405.1|FC415405
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100411963|gb|BY992426.1|BY992426
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100351814|gb|BY964563.1|BY964563
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|67718774|gb|BJ969033.1|BJ969033
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|208391457|gb|DC937605.1|DC937605
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100386544|gb|BY951340.1|BY951340
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|208388870|gb|DC932898.1|DC932898
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100420810|gb|BY993515.1|BY993515
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|67572040|gb|BJ944864.1|BJ944864
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|18349520|gb|BJ181570.1|BJ181570
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100432371|gb|BY960451.1|BY960451
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|162167541|gb|FC343712.1|FC343712
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|162202240|gb|FC378096.1|FC378096
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100390164|gb|BY989244.1|BY989244
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|208400746|gb|DC904924.1|DC904924
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAN                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|100410627|gb|BY992191.1|BY992191
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|208359628|gb|DC934615.1|DC934615
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|67704562|gb|BJ964795.1|BJ964795
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
EST: gi|162194881|gb|FC368998.1|FC368998
EST:     CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAG                         TTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA
genomic: CGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 27

TTGTGGCAGAAGTTCAGAGGGAATGAGAAGCCTCCGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaag ... tgtgttgcagTTCATGATGGCGAATGGCGCTCTCGTGAGGGTGCTCATCCACACGGATGTAACGAAATACCTGCTATTCAAGGCCGTGGACGGCAGCTACGTCTACAAGC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTGGCAGAAGTTCAGAGGGAATGAGAAGCCTCCGGCGTCTTTGGGATCCAGCAAAGAGTACAATGTGGACATGGTTCCTAAGgtaatgaaagtgtgggcgtgatgtgtttcagtttgcagtgaattcgtatctgttgcgccatcagtgggtgtgtagtaacacgtccagccacgtacgtgcgctggtaagtgcaagtgatgggcgtctgaagtttggaatgcgcgttttgtgttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG