Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGGACAAGCTCCGGCACGGCAGGCCTCCATTGGGGCAGGGCTTCCCAACACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattcgtagcgtttgtgtgctccgtgttcggcagatagtgatcttttactggagtaatctctaccaatgtgataggtctatgcacgttaattgat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S160_44V6.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CTTGGACAAGCTCCGGCACGGCAGGCCTCCATTGGGGCAGGGCTTCCCAACACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattcgtagcgtttgtgtg-ctccgtgttcggcagatagtgatcttttactggagtaatc-tctaccaatgtgataggtctatgcacgttaattgat
 | || |||||||| ||| |||| ||  |  | || || ||| | || ||| |||    |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  | ||        | ||| || |   |||| |       || | ||    |   |||  ||   ||  | |||   | | | |     | |  ||  | 
TTGGGGCAAGCTCCTGCAAGGCAAGCTGCTCTGGGTGCCGGGATACCAAACTCTGTTGTTTGCACCACTGTTAACAAAGTCTGTGCATCTGGCATGAAAGgtttgaatcgaatttatctgtctgtccttgtgtactctgctcagagttcacagaagtgagagattacctgaccatgctcttgttttcctttcctatatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100384912|gb|BY969647.1|BY969647
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|67718754|gb|BJ969013.1|BJ969013
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18358109|gb|BJ190168.1|BJ190168
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGGACGTGGTG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATG-ACGTGGTG
EST: gi|162258773|gb|FC434572.1|FC434572
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100445895|gb|CJ970194.1|CJ970194
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18325088|gb|BJ157084.1|BJ157084
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGTGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100421800|gb|BY993649.1|BY993649
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18331714|gb|BJ163725.1|BJ163725
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGTGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18360796|gb|BJ192859.1|BJ192859
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18349630|gb|BJ181680.1|BJ181680
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208389079|gb|DC937412.1|DC937412
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208400031|gb|DC908608.1|DC908608
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100364678|gb|BY947854.1|BY947854
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208390080|gb|DC942381.1|DC942381
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100387301|gb|BY970445.1|BY970445
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|162156306|gb|FC332330.1|FC332330
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208391223|gb|DC933512.1|DC933512
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18345885|gb|BJ177928.1|BJ177928
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208367731|gb|DC940202.1|DC940202
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100432533|gb|BY960504.1|BY960504
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208369407|gb|DC936096.1|DC936096
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|162166659|gb|FC343551.1|FC343551
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208358809|gb|DC935195.1|DC935195
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100448720|gb|CJ973019.1|CJ973019
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100386211|gb|BY987878.1|BY987878
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208358457|gb|DC930589.1|DC930589
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG