Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACTTCATCAGCTCTTTTCTTCAAACATAACTCTGCGCTTGGACCACCGTACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgctagttacggtttgatttgagccccagattttgtttatttcaggttttgaggcaaaactcttcaccgacgcgcactgcaatcgtggttacct...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S11_99V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208351249|gb|DC922056.1|DC922056
EST:     ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAG                         TTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
genomic: ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgct ... tgatgtgcagTTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
EST: gi|208384565|gb|DC907066.1|DC907066
EST:     ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACCTCTCAATCCAAAATAAG                         TTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
genomic: ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgct ... tgatgtgcagTTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
EST: gi|208348150|gb|DC920941.1|DC920941
EST:     ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACCTCTCAATCCAAAATAAG                         TTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
genomic: ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgct ... tgatgtgcagTTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
EST: gi|208397157|gb|DC908171.1|DC908171
EST:     ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAG                         TTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
genomic: ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgct ... tgatgtgcagTTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
EST: gi|208387835|gb|DC941404.1|DC941404
EST:     ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAG                         TTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT
genomic: ACCAAGTCTTGGTTGATACAAACTTTATCAACTTCTCAATCCAAAATAAGgtatgatgct ... tgatgtgcagTTGGACCTGGAGAAGGCCATGATGGATTGCTTGTATGCCAAAT