Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTTGGTGGTAGGGCTACCGAGCAGGTTGTCTTCGGTGATGCTGAAGTTACGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtccccaaagtagggtttcattgtttaagtttctaagccgcattgattaacacaggcacacggtattggaagattttttattttatttttattctttattctttattctgcaaatcacgaaagctttttgagttttatgctttgtttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S118_166V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162211064|gb|FC387088.1|FC387088
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|37829723|gb|BJ587735.1|BJ587735
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162158336|gb|FC334755.1|FC334755
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162275381|gb|FC451565.1|FC451565
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|208366280|gb|DC943826.1|DC943826
EST:     CGACTGGAGCGTCCANTGATTTGCAGCAAGTTACTTNTATGNCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162180630|gb|FC356987.1|FC356987
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162187826|gb|FC364400.1|FC364400
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162182221|gb|FC358236.1|FC358236
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162190966|gb|FC368372.1|FC368372
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162168629|gb|FC343891.1|FC343891
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162172402|gb|FC349071.1|FC349071
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|37845186|gb|BJ603194.1|BJ603194
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|18340882|gb|BJ172913.1|BJ172913
EST:     CGACTGNAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162176372|gb|FC353557.1|FC353557
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162167470|gb|FC344187.1|FC344187
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162159445|gb|FC336234.1|FC336234
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTTTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|67693373|gb|BJ953606.1|BJ953606
EST:     GCGTCCAGTGA-TTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGA
genomic: GCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCC-AAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGA
EST: gi|37831382|gb|BJ589394.1|BJ589394
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162155562|gb|FC331006.1|FC331006
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162169712|gb|FC345249.1|FC345249
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162152470|gb|FC328033.1|FC328033
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162184364|gb|FC359110.1|FC359110
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162161676|gb|FC339091.1|FC339091
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162274885|gb|FC451120.1|FC451120
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|18333793|gb|BJ165809.1|BJ165809
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|100427420|gb|BY977488.1|BY977488
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162150724|gb|FC327620.1|FC327620
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162208919|gb|FC385263.1|FC385263
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162178715|gb|FC353971.1|FC353971
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162184673|gb|FC361911.1|FC361911
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCCAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATC
EST: gi|162164618|gb|FC341913.1|FC341913
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162189227|gb|FC366736.1|FC366736
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162166433|gb|FC342415.1|FC342415
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|18339068|gb|BJ171094.1|BJ171094
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162190357|gb|FC365371.1|FC365371
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162191703|gb|FC367436.1|FC367436
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162211065|gb|FC387089.1|FC387089
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAG
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAG
EST: gi|162172403|gb|FC349072.1|FC349072
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162175125|gb|FC351986.1|FC351986
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|37826525|gb|BJ584537.1|BJ584537
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162196664|gb|FC373810.1|FC373810
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162178139|gb|FC354857.1|FC354857
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162165385|gb|FC340847.1|FC340847
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|19786821|gb|BQ040547.1|BQ040547
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|100390222|gb|BY952630.1|BY952630
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCG
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCG
EST: gi|162178138|gb|FC354856.1|FC354856
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162175126|gb|FC351987.1|FC351987
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162166870|gb|FC343047.1|FC343047
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|37829114|gb|BJ587126.1|BJ587126
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162196665|gb|FC373811.1|FC373811
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162150525|gb|FC326173.1|FC326173
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|7046842|gb|AW476786.1|AW476786
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162186760|gb|FC362796.1|FC362796
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
EST: gi|162186759|gb|FC362795.1|FC362795
EST:     CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAG                         ATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC
genomic: CGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 60

TCTTGGTGGTAGGGCTACCGAGCAGGTTGTCTTCGGTGATGCTGAAGTTACGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtcccc ... ttgtttgcagATGGTCACAGTATTCGGTATGTCAGACATCGGCCCATGGGCTTTGATGGACCCTTCATCCCAGGGAGGAGATATGATTATGCGCATGATGGCACGTAACT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTTGGTGGTAGGGCTACCGAGCAGGTTGTCTTCGGTGATGCTGAAGTTACGACTGGAGCGTCCAGTGATTTGCAGCAAGTTACTTCTATGGCCAAGCAGgtgcgtccccaaagtagggtttcattgtttaagtttctaagccgcattgattaacacaggcacacggtattggaagattttttattttatttttattctttattctttattctgcaaatcacgaaagctttttgagttttatgctttgtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG