Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGCCATGGTTGCGGAATGCAGACTTGTGGTGACGGCAGTTGTTACGTTGGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctagcctcaaaagtttttgcttaggacttcatcaatttctgacttggggttcaatccacagtatacatcaaacttattacttcggtagcatatg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_1V6.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162180334|gb|FC355339.1|FC355339
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|22492189|gb|BU052112.1|BU052112
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162176368|gb|FC353553.1|FC353553
EST:     TTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: TTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|37845500|gb|BJ603508.1|BJ603508
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162150913|gb|FC327393.1|FC327393
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162150914|gb|FC327394.1|FC327394
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162180335|gb|FC355340.1|FC355340
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAN                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTT
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTT
EST: gi|162181610|gb|FC357912.1|FC357912
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162257862|gb|FC434060.1|FC434060
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162255493|gb|FC431283.1|FC431283
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA