1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' |
AGCCAAGGCAACAGGCGTTGATCCTCCTCAAGTTGAAGCTGGAGTCACTCCTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtgatctttggaattgaatgctaacatgtatgactacatcagtatggactttcactgcaatctgcgtaatctatgtcctagttgcttttgtgcaatctacagtattttccaggttgggcatatttgatttcattattggtctgtatcttctgtctttgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S3_184V6.1 |
intron # | 23 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAG GTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAAEST: gi|162227222|gb|FC403866.1|FC403866
genomic: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtga ... gtctttgcagGTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
EST: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAG GTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAAEST: gi|37832190|gb|BJ590202.1|BJ590202
genomic: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtga ... gtctttgcagGTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
EST: CTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAG GTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAAEST: gi|162219049|gb|FC394944.1|FC394944
genomic: CTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtga ... gtctttgcagGTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
EST: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAG GTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAAEST: gi|162238850|gb|FC415066.1|FC415066
genomic: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtga ... gtctttgcagGTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
EST: CTTACATTTGTCCCTTGACCATGGGTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAG GTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
genomic: CTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtga ... gtctttgcagGTAAGGTCTAGTGTAGCTTCAGATGCTGGGAGCATGATGGAGCTTCAGCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCCAAGGCAACAGGCGTTGATCCTCCTCAAGTTGAAGCTGGAGTCACTCCTTACATTCGTCCCTTGACCATGGCTGACATGCGTCAGGCTATGGAGAAGgtatgtgtgatctttggaattgaatgctaacatgtatgactacatcagtatggactttcactgcaatctgcgtaatctatgtcctagttgcttttgtgcaatctacagtattttccaggttgggcatatttgatttcattattggtctgtatcttctgtctttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA