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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAACTCGGCAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTGgtgagttcctgtggctttgagcatcttcagtgtggagcttctgtgttgatgtgttgtttgtgtttgctatcattttcaacatttggattctgcatatgctttgtagttttcctttgaatttgattgttgaaaatcttacgggaagttacggccctattctttggttgacatataattaattctttatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S201_47V6.1
intron # 23
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162234187|gb|FC410570.1|FC410570
EST:     CAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTG                         ATTCCTTGAAGCATAGAGCTGCTGCAGCAGAAATCAGTCTTCTTCTC
genomic: CAGCAAATCACTTTTGGATGTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTGgtgagttcct ... ctttatgcagATTCCTTGAAGCATAGAGCTGCTGCAGCAGAAATCAGTCTTCTTCTC
EST: gi|37839584|gb|BJ597592.1|BJ597592
EST:     GTCANCAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTG                         ATTCC-TGAAGCATAGAGCTGCTGCAGCAGAAATCAGTCTTCTTCTCAGCC
genomic: GTCAACAGAGATTTTCTTGAGGCCCATGGTGgtgagttcct ... ctttatgcagATTCCTTGAAGCATAGAGCTGCTGCAGCAGAAATCAGTCTTCTTCTCAGCC