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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATAATGACAACAGCGGGAATGCATATTCTGATGTATTCTGGCTAGCGTCTGTCATTGAATCCATAGGTTCACTGGAGTTCGGGAAGCAGgtgcagttttactctctatgctctctatatacttttagttctctgaaagatagtctgtcatttttgtctggtgcattgtaattgcagtgtacttttcgta...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S185_43V6.1
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S185_43V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 22
lower sequence: AT1G73960.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 20
CATAATGACAACAGCGGGAATGCATATTCTGATGTATTCTGGCTAGCGTCTGTCATTGAATCCATAGGTTCACTGGAGTTCGGGAAGCAGgt--gcagttttactctctatgctctct-atatacttttagttctctgaaagatagtct-gtcatttttgtctggtgc-attgtaattgcagtgtacttttcgta
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TACAATGACAACAGTGGGAATTCGTATTCTGATGTATTCTGGCTTGCTGTGCTTGTTCAGTCAGTTGGTGATCTCGAATTCTGTCAGCAGgtctgtgatcttgtaaaagacactctatgatttatctgttgtagtgtaatatttatttttgtcttttcctactgacgctattaggagtaaaaaacccttg-----