1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGAGGGCCTTGGAACAGAATGACTCGCTTGTGCACGCTGACGAGCTCCCCGTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctattgggtgtctgaatttttcttcttcttccgtcgattcagtcgggggctatgaagggggttcgaagataatctgacacgttgtgcgagcgtat...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S6_398V6.3 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|162202961|gb|FC380346.1|FC380346
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|162262874|gb|FC440008.1|FC440008
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|162176291|gb|FC352748.1|FC352748
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|100436521|gb|BY961259.1|BY961259
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCCEST: gi|162160190|gb|FC337087.1|FC337087
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTTGCACNCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCCEST: gi|162162996|gb|FC338178.1|FC338178
genomic: GTTGCAC-CTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
EST: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAG ACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCATGCC
genomic: GTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctatt ... ggtcttacagACGTGCCATGGAGGCTACCGGCTGGACTGAGGCCGAAGTGTTTGCCTTGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAGGGCCTTGGAACAGAATGACTCGCTTGTGCACGCTGACGAGCTCCCCGTGCCCATGTTTGGGGTGGACATGAATATGCGTTGCACCTTTTGGAACAGgtgagctattgggtgtctgaatttttcttcttcttccgtcgattcagtcgggggctatgaagggggttcgaagataatctgacacgttgtgcgagcgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA