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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGAGAAGAAGCAAGCTGGTTCAGAAGATGAATACGATGTGGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatctcgtagcgattattggtgtcgtttgtgagtgttgcaattaagcctcgatcgcatattttcaaagtagcttactagggtttggaaatggagg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_302V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208388113|gb|DC941724.1|DC941724
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|100444725|gb|BY982554.1|BY982554
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|208380026|gb|DC914576.1|DC914576
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|100386275|gb|BY987942.1|BY987942
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|100426269|gb|BY958812.1|BY958812
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|100434101|gb|BY978959.1|BY978959
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
EST: gi|100417753|gb|BY975636.1|BY975636
EST:     GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTG                         CTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA
genomic: GGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatct ... tttgcaacagCTTGTTCACCATTGTCGAGAGATCTGCGGGTGGCCATCATTGACAGTTCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATGGAGAAGAAGCAAGCTGGTTCAGAAGATGAATACGATGTGGTTATCGTTGGTGGAGGAATGGTTGGTGCAGCAGTCGGCTGTGGCCTTGgtatgtatctcgtagcgattattggtgtcgtttgtgagtgttgcaattaagcctcgatcgcatattttcaaagtagcttactagggtttggaaatggagg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
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