Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTATCTTCACCAATGTTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtccttcactcgttccttgtctttcttcagctcattgattgccttacaatttagtgaagtctacatcaatcggtgaaatcgtaagagggatttgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S64_220V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S64_220V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G70580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ATTATCTTCACCAATGTTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtccttcactcgttccttgtctttcttcagctcattgatt--gccttacaatttagtgaagtctacatcaatcggtgaaatcgtaagagggatttgt
||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| | || ||||| || || |||||||||||||||||  | |     | ||    | ||| |||   ||    || ||||    | || ||  || ||||  | |   ||                           
ATTATTTTCACAAATGTTGGAAACCCTCATGCTTTAGGACAGAAACCTCTGACTTTTCCTCGTCAGgtataatatgcaattc---tcatgttttttgccaagctatagatttaagccta-aacatattgaaaaccaatgcag--------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100388772|gb|BY970920.1|BY970920
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|18326988|gb|BJ158989.1|BJ158989
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162155391|gb|FC332005.1|FC332005
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100436557|gb|BY961277.1|BY961277
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100419458|gb|BY957584.1|BY957584
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100356833|gb|BY965303.1|BY965303
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162181882|gb|FC357689.1|FC357689
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100352692|gb|BY945399.1|BY945399
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162171669|gb|FC348130.1|FC348130
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100385535|gb|BY969872.1|BY969872
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162199479|gb|FC373781.1|FC373781
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162223962|gb|FC400320.1|FC400320
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162160782|gb|FC336681.1|FC336681
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100399005|gb|BY990625.1|BY990625
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162197024|gb|FC373364.1|FC373364
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100371629|gb|BY968072.1|BY968072
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100419055|gb|BY975835.1|BY975835
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162252058|gb|FC428297.1|FC428297
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100425857|gb|BY977155.1|BY977155
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100412607|gb|BY974818.1|BY974818
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100444613|gb|BY982442.1|BY982442
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162153784|gb|FC329915.1|FC329915
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162154422|gb|FC330424.1|FC330424
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100356462|gb|BY946377.1|BY946377
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100364771|gb|BY947900.1|BY947900
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162166622|gb|FC343514.1|FC343514
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162191243|gb|FC367921.1|FC367921
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100388497|gb|BY952099.1|BY952099
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100436447|gb|BY961222.1|BY961222
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100357096|gb|BY983691.1|BY983691
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100384231|gb|BY969362.1|BY969362
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100412565|gb|BY974797.1|BY974797
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162152416|gb|FC327979.1|FC327979
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100446806|gb|CJ971105.1|CJ971105
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100384129|gb|BY950515.1|BY950515
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162187053|gb|FC362835.1|FC362835
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100386709|gb|BY970250.1|BY970250
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|162189527|gb|FC365749.1|FC365749
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
EST: gi|100388392|gb|BY951994.1|BY951994
EST:     TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAG                         GTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA
genomic: TTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 14 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 10

ATTATCTTCACCAATGTTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtcct ... gctgctacagGTCATGGCTCTGTGTCAGGCACCCTTTCTTATGGACGATCCACACGTGGGATTACTGTTTCCTGAAGATGCCATTGCTAGAGCGAAGCATTACTTGGCTA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTATCTTCACCAATGTTGGTAACCCACATGCTCTTGGTCAGAAGCCCCTCACTTTTCCTCGTCAGgtgaagtccttcactcgttccttgtctttcttcagctcattgattgccttacaatttagtgaagtctacatcaatcggtgaaatcgtaagagggatttgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC