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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGGAGACCATCAAGATCCCTCTTGTTTTGATCTACCGAGACATCGTCGACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_242V6.4
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100416828|gb|BY993109.1|BY993109
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383578|gb|DC903535.1|DC903535
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162240278|gb|FC414323.1|FC414323
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208400191|gb|DC908852.1|DC908852
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCNATGTTCCGGTCATNGGAAGGATTACTATCCCAT
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCAT
EST: gi|162216739|gb|FC393598.1|FC393598
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162213606|gb|FC389686.1|FC389686
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100398885|gb|BY990564.1|BY990564
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383196|gb|DC928224.1|DC928224
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|18355332|gb|BJ187391.1|BJ187391
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGGTTGGTCGATGTTCCGG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTG-TTGGTCGATGTTCCGG
EST: gi|162205337|gb|FC382046.1|FC382046
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100391786|gb|BY989552.1|BY989552
EST:     ACACCTTTGACGACATCGGACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCGGGTCATTGGA
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGA
EST: gi|208355737|gb|DC910531.1|DC910531
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162231457|gb|FC407907.1|FC407907
EST:     CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|7067561|gb|AW497416.1|AW497416
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100436316|gb|BY961156.1|BY961156
EST:     CACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATNCTTGCTA-G                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATT
genomic: CACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTAT-CTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATT
EST: gi|100429286|gb|BY978034.1|BY978034
EST:     CACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCNTA-G                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATT
genomic: CACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGC-TAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATT
EST: gi|208384750|gb|DC915283.1|DC915283
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAN                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCC
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCC
EST: gi|100366216|gb|BY967337.1|BY967337
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100424686|gb|BY976764.1|BY976764
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCC
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCC
EST: gi|67574720|gb|BJ947544.1|BJ947544
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162235077|gb|FC411212.1|FC411212
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100382784|gb|BY986928.1|BY986928
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAA                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCG
EST: gi|208347007|gb|DC901842.1|DC901842
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162231458|gb|FC407908.1|FC407908
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162267040|gb|FC441841.1|FC441841
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236071|gb|FC412230.1|FC412230
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100397637|gb|BY990326.1|BY990326
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236070|gb|FC412229.1|FC412229
EST:     ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATG-TCCGGGTCATNGGAAGGATTACTATCCCATT
genomic: ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCC-GGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATT
EST: gi|100444892|gb|BY982720.1|BY982720
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCGGGTCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTG
EST: gi|100432373|gb|BY960452.1|BY960452
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTTGGAGGGAT-ACTATCCCATT
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATT-GGAAGGATTACTATCCCATT
EST: gi|67570444|gb|BJ943268.1|BJ943268
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208385161|gb|DC911393.1|DC911393
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACC-GGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         -TCACGCTGTNGGTCNATGTCCCGNCC-TTGGAAGGAT-ACTATCC
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCC
EST: gi|208357796|gb|DC902320.1|DC902320
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG