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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGGAGACCATCAAGATCCCTCTTGTTTTGATCTACCGAGACATCGTCGACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggttgcagtttctcgctacatacctgtcgaaagattacccatgctgaaatgcgggtcttttttcagtcgaacacataaatggttcccctcattatttttgtccttattgatacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_242V6.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162240278|gb|FC414323.1|FC414323
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162216739|gb|FC393598.1|FC393598
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383196|gb|DC928224.1|DC928224
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208355737|gb|DC910531.1|DC910531
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162231457|gb|FC407907.1|FC407907
EST:     CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: CAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|7067561|gb|AW497416.1|AW497416
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208347007|gb|DC901842.1|DC901842
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|100398885|gb|BY990564.1|BY990564
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162235077|gb|FC411212.1|FC411212
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|208383578|gb|DC903535.1|DC903535
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162231458|gb|FC407908.1|FC407908
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162267040|gb|FC441841.1|FC441841
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|67570444|gb|BJ943268.1|BJ943268
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236071|gb|FC412230.1|FC412230
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162213606|gb|FC389686.1|FC389686
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|162236070|gb|FC412229.1|FC412229
EST:     ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATG-TCCGGGTCATNGGAAGGATTACTATCCCATT
genomic: ACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCC-GGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATT
EST: gi|208357796|gb|DC902320.1|DC902320
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTG
EST: gi|18355332|gb|BJ187391.1|BJ187391
EST:     ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAG                         GTCACGCTGGTTGGTCGATGTTCCGG
genomic: ACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTG-TTGGTCGATGTTCCGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 15 (downstream exon)
Score: 5

CTCGGAGACCATCAAGATCCCTCTTGTTTTGATCTACCGAGACATCGTCGACACCTTTGACGACATCGAACCCGGTCAAGTGATCCCCTATCTTGCTAAGgtatgtcggt ... attgatacagGTCACGCTGTTGGTCGATGTTCCGGTCATTGGAAGGATTACTATCCCATTGGAGAAGAGGGGAGAGATTCCCATTCCTCACAAGCCAGATGTGGACTTGG




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