1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CTACGGGCCGGAGCCTGCACTCACGTACATATATGAGTATCCTAAGTTGAAGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtggttcacaccaaaatggttgatggacgcttagtcctttcagtcgctattctaatgagttgagacaggctaacttcttatggtatctgtagtgagccgttgcaggtctgggattacttgccgtcacatgagtgaagcttctgacctgacttctatgccgtgtcctgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S486_3V6.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|37824768|gb|BJ582834.1|BJ582834
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|18342525|gb|BJ174560.1|BJ174560
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACNATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAEST: gi|100393250|gb|BY989796.1|BY989796
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGA
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|208352831|gb|DC917795.1|DC917795
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|37835516|gb|BJ593528.1|BJ593528
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: AGCCTGTAGAGGATGATGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|37826358|gb|BJ584370.1|BJ584370
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: GCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCAEST: gi|208381045|gb|DC903901.1|DC903901
genomic: GCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATG-CAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
EST: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAG AAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
genomic: AGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtg ... tgtcctgcagAAGGGCCACAATGGTGAAGTGCATCTGAAAGTGGACATGTGCTGTGAGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTACGGGCCGGAGCCTGCACTCACGTACATATATGAGTATCCTAAGTTGAAGCCTGTAGAGGATGTTGTTGTGAAGGAACTGAACCATGCAAAGGAGAAGgtatgctgtggttcacaccaaaatggttgatggacgcttagtcctttcagtcgctattctaatgagttgagacaggctaacttcttatggtatctgtagtgagccgttgcaggtctgggattacttgccgtcacatgagtgaagcttctgacctgacttctatgccgtgtcctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA