Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTATCGACTTGAAGGCCGGTGGTCGCAACAAGAAAACCAAGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttctgtattctgtattgacttcgcttgagatatatcttgagtcgacgtgtgttgctgttctcatgagtcgtgaaaggcaaactccagtgcgtaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S45_11V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S45_11V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ22685 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GGTATCGACTTGAAGGCCGGTGGTCGCAACAAGAAAACCAAGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttctgt-attctgtattgacttcgcttgagatatatcttgagtcgacgtgtgttgctgttctcatgagtcgtgaaaggcaaactccagtgcgtaa
||||||||| |  | ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||  | ||||||||||| ||||| || || |||||  |    ||  |||  | ||||  |       ||   |  |  || |   |  |  ||    ||  |||    | |    | ||               
GGTATCGACATCGAAGCCGGCGGGCGCAACAAGAAGACCAAGCGGACAGCCCCCAAGAGTGACAATGTCTACCTCAAGCTGCTCGTCAAGgtgagtgcgtgggatttggcattggatctat---agcggttgcccgatttctcacgcattttcttttccatt--ccctctctgtcag--------------

upper sequence: PP1S45_11V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ13065 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GGTATCGACTTGAAGGCCGGTGGTCGCAACAAGAAAACCAAGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttctgt-attctgtattgacttcgcttgagatatatcttgagtcgacgtgtgttgctgttctcatgagtcgtgaaaggcaaactccagtgcgtaa
||||||||| |  | ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||  | ||||||||||| ||||| || || |||||  |    ||  |||  | ||||  |   || |||   |  |  || |   |  |  ||    ||  |||   || |     |||               
GGTATCGACATCGAAGCCGGCGGGCGCAACAAGAAGACCAAGCGGACAGCCCCCAAGAGTGACAATGTCTACCTCAAGCTGCTCGTCAAGgtgagtgcgtgggatttggcattggat---ctagagcggttgcgcgatttctcacgcattttcttttccatt--tcctctctcgcag--------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208399977|gb|DC905003.1|DC905003
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18374480|gb|BJ206058.1|BJ206058
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162267384|gb|FC443927.1|FC443927
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67717531|gb|BJ967790.1|BJ967790
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162273190|gb|FC449210.1|FC449210
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162223831|gb|FC400085.1|FC400085
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162276564|gb|FC451947.1|FC451947
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162247946|gb|FC424215.1|FC424215
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67703036|gb|BJ963269.1|BJ963269
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGGAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|37840083|gb|BJ598091.1|BJ598091
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18342083|gb|BJ174118.1|BJ174118
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|208399635|gb|DC908816.1|DC908816
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162267846|gb|FC444447.1|FC444447
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162223707|gb|FC399467.1|FC399467
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|7067406|gb|AW497261.1|AW497261
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACC-TAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTCTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162261586|gb|FC437603.1|FC437603
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162273189|gb|FC449209.1|FC449209
EST:     AGCGTACTGCTCNCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67574263|gb|BJ947087.1|BJ947087
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67719494|gb|BJ969753.1|BJ969753
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67698189|gb|BJ958422.1|BJ958422
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67703933|gb|BJ964166.1|BJ964166
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67574029|gb|BJ946853.1|BJ946853
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67697670|gb|BJ957903.1|BJ957903
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67727768|gb|BJ978027.1|BJ978027
EST:     GCCAGAATGTCTACCNTAAGCTTNTTGTGAAG                         CTTTACAGGTTTTTGGNGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: GCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|37821163|gb|BJ579229.1|BJ579229
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|208398020|gb|DC908192.1|DC908192
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18332727|gb|BJ164740.1|BJ164740
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|37852493|gb|BJ610501.1|BJ610501
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18340806|gb|BJ172837.1|BJ172837
EST:     AGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGNGTCGTC
genomic: AGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18359093|gb|BJ191153.1|BJ191153
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162199795|gb|FC376388.1|FC376388
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67720618|gb|BJ970877.1|BJ970877
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67575938|gb|BJ948762.1|BJ948762
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162267383|gb|FC443926.1|FC443926
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162247945|gb|FC424214.1|FC424214
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67726046|gb|BJ976305.1|BJ976305
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|208351296|gb|DC922075.1|DC922075
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67507421|gb|BJ940304.1|BJ940304
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67702124|gb|BJ962357.1|BJ962357
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67704596|gb|BJ964829.1|BJ964829
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162236032|gb|FC412191.1|FC412191
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162156547|gb|FC332155.1|FC332155
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67719743|gb|BJ970002.1|BJ970002
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162271128|gb|FC446636.1|FC446636
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162236031|gb|FC412190.1|FC412190
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162222076|gb|FC398643.1|FC398643
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67704216|gb|BJ964449.1|BJ964449
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162230840|gb|FC406679.1|FC406679
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67728008|gb|BJ978267.1|BJ978267
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67574767|gb|BJ947591.1|BJ947591
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18362863|gb|BJ194935.1|BJ194935
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18329296|gb|BJ161302.1|BJ161302
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67574098|gb|BJ946922.1|BJ946922
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|67697417|gb|BJ957650.1|BJ957650
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162222075|gb|FC398642.1|FC398642
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|19778819|gb|BQ039366.1|BQ039366
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|208377582|gb|DC922685.1|DC922685
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|18337067|gb|BJ169091.1|BJ169091
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
EST: gi|162229313|gb|FC405400.1|FC405400
EST:     AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAG                         CTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC
genomic: AGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 116

GGTATCGACTTGAAGGCCGGTGGTCGCAACAAGAAAACCAAGCGTACTGCTCCCAAGAGCCAGAATGTCTACCTTAAGCTTCTTGTGAAGgtatgcttct ... ccttaagcagCTCTACAGGTTTTTGGTGAGGAGGACAGATGCTCCCTTCAACAGCGTCGTCTTGAAACGTCTGTTCATGAGCAGAATCAACAGGGCTCCTCTCTCCATGA




<











<


<