Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTGGCTCACCTCTTTCTGGACTCTACGATAAATGTGTGAAGTCGCTTGTAGATGGCCTGTTTCATGGCTACAATGCAACTGTGTTGGCATATGGTCAGgtaaaatttgggcacaagtgtcagacggcccatttcattatgttatcttgaccttacataactttccagtacgtcaatgttatgttgattctgttaaact...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S42_71V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S42_71V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G50240.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
CTCTGGCTCACCTCTTTCTGGACTCTACGATAAATGTGTGAAGTCGCTTGTAGATGGCCTGTTTCATGGCTACAATGCAACTGTGTTGGCATATGGTCAGgtaaaatttgggcacaagtgtcagac-ggcccatttcattatgttatcttgaccttacataactt-tccagtacgtcaatgttatgttgattctgttaaact
   ||| || ||   ||||    | |  ||  |||||||     | ||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |   |    | |||| |       ||   ||   || | || | ||    |||||||| |  | |||                               
TAATGGTTCTCCATCTTCTTTGATGTTTGAAGAATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTTATGGTCAGgtaca---taaaaaaaagtttggttttagctgcttgtgttttcttctatttgagttacataaatgatgcag-------------------------------