Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCAGGAACAGTTGATAGGATGATATCCTTTGTTCAACAACACAACTTTGTAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgtaatccgttgtactcgtttcaagcaaaagctcaaacctacgaaaagtaccgtgcacaagcatattgttacagtcgcacaaaaaattcgatt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S392_15V6.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208387114|gb|DC941286.1|DC941286
EST:     TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAG                         ACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
genomic: TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgt ... ttgttgtcagACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
EST: gi|208365774|gb|DC951037.1|DC951037
EST:     TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAG                         ACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
genomic: TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgt ... ttgttgtcagACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
EST: gi|37834734|gb|BJ592746.1|BJ592746
EST:     TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAG                         ACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
genomic: TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgt ... ttgttgtcagACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
EST: gi|208363497|gb|DC939730.1|DC939730
EST:     TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAG                         ACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
genomic: TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgt ... ttgttgtcagACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
EST: gi|208386139|gb|DC949050.1|DC949050
EST:     TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAG                         GCAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC
genomic: TAGCCGATTATATATGTGGTCCTACAGTGATGCTAAGGCGGAATTGTCAGgtatttttgt ... ttgttgtcagACAGCGGTCTTCTTTGTGCGGAAGTTGGCAAGCCGGACTTTGTTCCTACAC