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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S38_196V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g03880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattcc-agtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTGGTTGTTCCCCCTGGAAACACTGGTCTCGATCCCTCCCAGACTTCTTTCTTCCAGgtga--tcatttgtcgatgtgttaacatattgtttatcctcagagtca---aatacaagttctcactgttc-----tatcttgttacag--------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g04070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattc-cagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGAAACACTGGTCTGGATCCCTCCCAGACTTCTTTCTTTCAGgtga--tcatttgtagatg-tgttaaccatagtttatcttcgcagtca---aatacaagttctcactgttctc-----tcttgttacag--------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g03640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAGgtga--tcatttgt--------tgatttgttaataa-atactatcttgtctgcttagtcaa-----gtagtcaactacatgttctcactgttcctatcttgttacag-------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAGgtgag--cctggaagcaatatctgtgttactgttaaatgcacacaca-ccatgtcagtttctcatt---------cgtcatttttcag--------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G066460_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTGGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCAGTTGATGTTGTTGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCGTCCCAGACCTCTTTCTTCCAGgtgaccttggaagcaacacctctgtgatacagctaaaatgcaag-cacacaaaggcgcttttctcatttgtcatttgttccag-------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G06630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAGgt--------tggta-atcttctgtttgtagaatttgggggtggttgatttgttttggtttttaaaaactattaatat-----tttaaatattacgttgagtagaagtggggaa------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G42260.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcg-cagtgggcaagtgtcctt-tttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCCAGgttgg-----caatgt-tcttgtagaatttgggtgtggtt--ggttg--tgttttggtttttaaacactattcaattctatatattttttaaataaaacttagtagaagt------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G03300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggca-agtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTGGCAGCTCCTGCTCGTGTAGGTTTAGTTGCACCTATTGATGTTGTTGTTCCCCCAGGCAACACAGGGCTGGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTTCAGgttaa-tttctgcaatcttgttcatggaacgaattaagaact--taattgaaattacccgttgataatatatatggtgttcatatt-taatttcag-------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G35070.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTGGGAGCTCCCGCTCGTGTAGGTTTGGTTGCAGCTATTGATGTTGTTGTTCCCCCAGGCAACACAGGGCTGGATTCCTCGCAGACCTCTTTCTTTCAGgttaa-tttctgcaat----catgttcttggaattaagaac---ttaattgaatttacctgttgataagtccacat-ttaatatacacacacagtaatttcag-----------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G35060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTGGCAGCTCCTGCTCGTGTAGGTTTAGTTGCACCTATTGATGTTATTGTTCCCCCAGGCAACACAGGGCTGGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTTCAGgttaa-tttctgcaatcttgt---tcttgggattaagaactta---aatgaactta-cctgttgatactagtatatatggtggat-tggtggtgttcac-attttaattaatatacac-attaattttag--------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G24800.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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----GGAGCTCTTGCTCATGTTGGTTTGGTTGCCCCAATTGATGTTGTCGTTCCTCTTGGCAACACAGGGCTTGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCTAGGTT-Ggtaatcttctttttgtagaatttgggaaag-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0067g00270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGATTAGTTGCTCCTATTGATGTCATTGTCCCACCTGGTAACACTGGACTCGACCCTTCCCAGACCTCTTTCTTCCAGgtttgtagtcaagca-atgaaa-attctgtgttttc--ttctggcctggctgagttgtttctca-----ggcaacctacctcttttcag-------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ14871 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaat-gagattccagtc--agtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTCGGAGCGCCAGCTCGTGTCGGGCTTGTAGCACCGATTGACGTGACTATTCCTCCTGGAAGCACTGGTCTTGATCCATCGCAGACATCTTTCTTCCAGgttcgtccataggactatctcgttctgtgttacttgtgattcatatcttaaaccatcaaactttcag--------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ13245 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCGCCTGCTCGTGTCGGACTTGTTGCCCCGATCGACGTAACCATTCCTCCTGGAAGCACTGGGCTTGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgttcgaccctctttttttttttttttttgtttctgtggttcatacttgcaaacttccag-------------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ38349 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattccagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTCGGAGCGCCAGCTCGTGTCGGGCTTGTAGCACCGATTGACGTGACTATTCCTCCTGGAAGCACTGGTCTTGATCCATCGCAGACATCTTTCTTCCAGgttcgtccataggactat--ctcgttctgtgt---tacttgtgattgattatctaaaaccatca-aactttcag----------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S38_196V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ24514 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtcttcggtatatggtatgttctatgaatgagattc-cagtcagtcaatttagcttatcgcagtgggcaagtgtcctttttctgatgtcgttctttatggcagttatgaaacgctgttaactgaaggtttctgacgaatagaatgctgaactctccag
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-GTTGGAGCGCCTGCTCGTGTCGGACTTGTTGCCCCGATCGACGTGACCATTCCTCCTGGAAGCACTGGGCTTGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgttcgaccaaagaggtgctctgt-ttctgtggttcatacttgcaaacttccag--------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162262975|gb|FC439316.1|FC439316
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
EST: gi|162194645|gb|FC370036.1|FC370036
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
EST: gi|208367625|gb|DC943972.1|DC943972
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTNCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
EST: gi|100416756|gb|BY993072.1|BY993072
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
EST: gi|208400177|gb|DC904825.1|DC904825
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
EST: gi|208358891|gb|DC935221.1|DC935221
EST:     TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAG                         GTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC
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genomic: TTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 153

GGTCGGAGCACCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGCCCCCATCGATGTGGTTGTTCCCCCCGGTAACACTGGTCTGGATCCCTCGCAGACATCTTTCTTCCAGgtaaggtctt ... aactctccagGTCCTTAACATTCCCACCAAGATTAACAAGGGTACTGTCGAGATTATCGCCCCTGTCGAGCTTGTCCACAAGGGTGACAAGGTCGGATCGTCCGAGGCTG




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