Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttatgatctgaggaatgggataccgtgtttttttattatgttttgtttttggcgttttctttttctttttctggttattttattttttaggtcaagagtatagtggacacgagttgagattgctttgtgtgttcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S204_49V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162207611|gb|FC384064.1|FC384064
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162207612|gb|FC384065.1|FC384065
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162264253|gb|FC441355.1|FC441355
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162211993|gb|FC388455.1|FC388455
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162231344|gb|FC406767.1|FC406767
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162184761|gb|FC361063.1|FC361063
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162211994|gb|FC388456.1|FC388456
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162264252|gb|FC441354.1|FC441354
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTTTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|7147798|gb|AW509720.1|AW509720
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|67728029|gb|BJ978288.1|BJ978288
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCNTGCTAATGTCTCCAAG                         GNTGANCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTNTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162184760|gb|FC361062.1|FC361062
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG
EST: gi|162252337|gb|FC427276.1|FC427276
EST:     ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAG                         GCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTCCGGGATCCTCAG
genomic: ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 81

ATCATTGATGTGCTACACCCCGGTCGTGCTAATGTCTCCAAGgtgagtttat ... gtgtgttcagGCTGAGCTGAAAGAGAAGCTTGCTAAGGTGTATGAGGTTCGGGATCCTCAGACCATCTTCGTGTTCGGATTCAGGACCCAATTTGGAGGTGGCAAGTCCA




<











<


<