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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTCCGATTGGTCTCACTCCGTGAAGGCTGTCTGTGTGGTGCACAACGAAACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacactccccctttgttgcattgtttacgaagtaagcttcttgtgtctaatatctgtaggcatgatcatgtctcatctaagattaggatggtgta...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S19_25V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162197354|gb|FC372316.1|FC372316
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EST: gi|162275972|gb|FC452040.1|FC452040
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|162227896|gb|FC403704.1|FC403704
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|208361239|gb|DC957708.1|DC957708
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EST: gi|100385078|gb|BY987541.1|BY987541
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genomic: A-CCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGG
EST: gi|162160122|gb|FC335992.1|FC335992
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|100384029|gb|BY950415.1|BY950415
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EST: gi|162177851|gb|FC355101.1|FC355101
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EST: gi|162225455|gb|FC400908.1|FC400908
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|100399247|gb|BY954274.1|BY954274
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EST: gi|162194629|gb|FC370020.1|FC370020
EST:     CACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|162195348|gb|FC369816.1|FC369816
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|162235996|gb|FC412155.1|FC412155
EST:     CTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|67569637|gb|BJ942461.1|BJ942461
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|100378996|gb|BY986522.1|BY986522
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|67508629|gb|BJ941491.1|BJ941491
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGG
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EST: gi|162251242|gb|FC428521.1|FC428521
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|162272974|gb|FC449105.1|FC449105
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|162214046|gb|FC389884.1|FC389884
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|100400823|gb|BY972961.1|BY972961
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCT
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EST: gi|100360865|gb|BY965941.1|BY965941
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|162165418|gb|FC340867.1|FC340867
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|162179785|gb|FC356376.1|FC356376
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST: gi|162172357|gb|FC348298.1|FC348298
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
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EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|162165227|gb|FC341183.1|FC341183
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|162253456|gb|FC430090.1|FC430090
EST:     GAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: GAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|100379660|gb|BY949880.1|BY949880
EST:     AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGG                         ATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
genomic: AACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTG
EST: gi|208359796|gb|DC939240.1|DC939240
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RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 81

CAGTCCGATTGGTCTCACTCCGTGAAGGCTGTCTGTGTGGTGCACAACGAAACCTCCACTGGTGTCACGAATGATATTGGTGCTATTCGCAGAGTTATGGgtaaacacac ... atggtcatagATGAGGCAAGACACCCCGCATTGTTGTTGGTGGATGGCGTCTCCTCCATTGGTGCCATTGATTTCCGCATGGACGATTGGAAAGTGGATGTCGCTCTTAC




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