Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTTTCAAAGATGTCGATGGTTTTCGCTCCTCGCATGGCTGAAGCCGCACCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttttctcacgcccttcctgtactttggaaatggagaaaccagtgcaatgactctaaatgcgtgtgatgattccaatttatcccggttagtttgccgttttctccaccgcttttcggtcaagctccatgcatacgaaatgctgattgtgttggtgaatgcgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S197_22V6.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208359340|gb|DC939107.1|DC939107
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100443206|gb|BY981832.1|BY981832
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208393290|gb|DC942444.1|DC942444
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100367799|gb|BY984789.1|BY984789
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTACAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208392219|gb|DC929480.1|DC929480
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208377412|gb|DC927072.1|DC927072
EST:     TACGACANCAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: TACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|162168953|gb|FC345635.1|FC345635
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208358314|gb|DC934535.1|DC934535
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208366765|gb|DC940079.1|DC940079
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100384610|gb|BY950600.1|BY950600
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|67717117|gb|BJ967376.1|BJ967376
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208379303|gb|DC927286.1|DC927286
EST:     CCAGTTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCAG-TTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100442468|gb|BY963162.1|BY963162
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|162186319|gb|FC361627.1|FC361627
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208358782|gb|DC942948.1|DC942948
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100446728|gb|CJ971027.1|CJ971027
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|100434760|gb|BY960826.1|BY960826
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208346662|gb|DC913308.1|DC913308
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
EST: gi|208388708|gb|DC941521.1|DC941521
EST:     CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGG                         GACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC
genomic: CCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttt ... gaatgcgcagGACATGCGTGGCTATAGCTGGTGCAGATTACTGTGTGATTGCTGCTGATAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGTTTCAAAGATGTCGATGGTTTTCGCTCCTCGCATGGCTGAAGCCGCACCCAGTTCACATGCGGGTGCTTCTTGGAGTCCCTACGACAACAACGGAGGgtgacttttttctcacgcccttcctgtactttggaaatggagaaaccagtgcaatgactctaaatgcgtgtgatgattccaatttatcccggttagtttgccgttttctccaccgcttttcggtcaagctccatgcatacgaaatgctgattgtgttggtgaatgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG