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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCAGTTTACGTGGGAAGAGGGCCTCTATGGAAGATTTTCATGATACCAAAATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatctcttacctgctaaggagctaagttacactctcccctctgaatttgtggtgtgtcaatatattggtctatcttctgctgttttatatcatgc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S174_123V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208377763|gb|DC940875.1|DC940875
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208384917|gb|DC903424.1|DC903424
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208378846|gb|DC927548.1|DC927548
EST:     TTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTG-TTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: TTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208396538|gb|DC915850.1|DC915850
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208366958|gb|DC951445.1|DC951445
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208358259|gb|DC939399.1|DC939399
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208352848|gb|DC917812.1|DC917812
EST:     TTGGCGTATTTGAT-                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: TTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208382176|gb|DC914823.1|DC914823
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCANCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208381088|gb|DC903916.1|DC903916
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|162254449|gb|FC430662.1|FC430662
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100418751|gb|BY975722.1|BY975722
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208386007|gb|DC956523.1|DC956523
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208355611|gb|DC906591.1|DC906591
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208386792|gb|DC937184.1|DC937184
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100412818|gb|BY992451.1|BY992451
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208356189|gb|DC902225.1|DC902225
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100431608|gb|BY960283.1|BY960283
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208357765|gb|DC902303.1|DC902303
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100439819|gb|BY980255.1|BY980255
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGG-TGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
EST: gi|208351894|gb|DC913793.1|DC913793
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|18344474|gb|BJ176514.1|BJ176514
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagG-ACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
EST: gi|208390818|gb|DC938397.1|DC938397
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|18355222|gb|BJ187281.1|BJ187281
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100353890|gb|BY983361.1|BY983361
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|18355314|gb|BJ187373.1|BJ187373
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagG-ACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAG
EST: gi|18352731|gb|BJ184786.1|BJ184786
EST:     AATATCANAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTC
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTC
EST: gi|208354285|gb|DC957463.1|DC957463
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100438994|gb|BY961907.1|BY961907
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100404154|gb|BY955282.1|BY955282
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|100430804|gb|BY978405.1|BY978405
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|18372532|gb|BJ204134.1|BJ204134
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
EST: gi|208377647|gb|DC932183.1|DC932183
EST:     AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATG                         GACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA
genomic: AATATCAAAAGTTGATGGTATAATTGTTGGTTTGTTTGGCGTATTTGATGgttagtatct ... tgatttgcagGACATGGTGGTTCCCGAGCAGCTGTTTATGTTAAGCAAAATCTCTTCAAGA