Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGCACGGTGCACGCGCTCTGTTTCTATTGgtatgttcaaaaatcttctacgtcatataatggtttttgtctattcaacaaaatgtctcggctaagcgcattatttgaaatcttattcaacgttcttggtagacctgggattgggtgtatccgaatatcttgattttggttgatatcgcttagaatcaaaatgtaacgttttgtattgatgatttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S28_182V6.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S28_182V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os06g39640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 21
ATATGCACGGTGCACGCGCTCTGTTTCTATTGgtatgttcaaaaatcttctacgtcatataatggtttttgtctattcaacaaaatgtctcggctaagcgcattatttgaaatcttattcaacgttcttggtagacctgggattgggtgtatccgaatatcttgattttggttgatatcgcttagaatcaaaatgtaacgttttgtattgatgatttgcag
 |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||       |   |  | || | |   |||||   |  |   |    | | ||   |      |||| ||| |  |  ||||         |||  | || | |||   | | |||   |                                                               
TTATGCACGGTGCACACGCTCTGTTTCTGTTGgtacgttc------ttctgaaatgatctgaacatttttccatcattttctttgtat-tcatgtgttattattagttggacacgaattctgaa-----ggtgaatcttgcatttcttttttcctggtccaacag--------------------------------------------------------