Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAGATGGATTGGACCAAACTACTACAAGAGAGGTCCACTTGGCAATGACATTCACAAGACAAATGTGCCTCACATGAGAGTTAATTTCCGCCATGAGgtaagataaaattaacatatgtaccacctggcattttatgtgtaaatctactctatcttgccaacgtgcttggctattttatcaaactaattgccatgctaaaactttgaattgaaacttgtttgctatggatggag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S307_76V6.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S307_76V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os07g49270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
GTGAGATGGATTGGACCAAACTACTACAAGAGAGGTCCACTTGGCAATGACATTCACAAGACAAATGTGCCTCACATGAGAGTTAATTTCCGCCATGAGgtaagataaaattaacatatgtaccacctggcattttatgtgtaaatctactctatcttgccaacgtgcttggctattttatcaaactaattgccatgctaaaactttgaattgaaacttgtttgctatggatggag
      ||||||||   |||||||||||| |||||||    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||  || | ||||| ||    ||| |       ||  |  |   |  |||||  | | || |      || | |   |||| || |  | |||  | | ||   ||     ||    | ||    |   |                            
TCACACTGGATTGGGAGAAACTACTACAAAAGAGGTCATGATGGCAATGACATTCACCAGACAAATGTTCCTCACATCAGGATTGAATTCCGACACACTgtatgtacttcgtactagcttctctgcctggagtctgatct------cttcccgtacttgtcagcacgtttgtttctgttggtaattgcgtttgt-tactggcccgcag----------------------------