Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAACCAAGACGGAAGTTATTAAATGACAGAGTGGTGGATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttgttggtatcctgatggcttcggttttaagattgttatgtctaacagtctcagaaattataaattccgactttatgcaacaacccagctgaagttgtttgtaaagatgatgatatagtaccaacgtgttaaatcttacgttgatgtag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_317V6.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37827954|gb|BJ585966.1|BJ585966
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37839102|gb|BJ597110.1|BJ597110
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37829800|gb|BJ587812.1|BJ587812
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162242962|gb|FC416471.1|FC416471
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|208350253|gb|DC925729.1|DC925729
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|18340695|gb|BJ172725.1|BJ172725
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37824608|gb|BJ582674.1|BJ582674
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162160170|gb|FC337067.1|FC337067
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|15730020|gb|BI741619.1|BI741619
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162178384|gb|FC355206.1|FC355206
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37829477|gb|BJ587489.1|BJ587489
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37829305|gb|BJ587317.1|BJ587317
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37841967|gb|BJ599975.1|BJ599975
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37841095|gb|BJ599103.1|BJ599103
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|18337924|gb|BJ169948.1|BJ169948
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTNCAT                         GTTGACAACATNCAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|15327252|gb|BI487832.1|BI487832
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37827427|gb|BJ585439.1|BJ585439
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162252661|gb|FC428698.1|FC428698
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|18334134|gb|BJ166150.1|BJ166150
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162197253|gb|FC372540.1|FC372540
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37825373|gb|BJ583439.1|BJ583439
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|18336149|gb|BJ168171.1|BJ168171
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162197252|gb|FC372539.1|FC372539
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37828150|gb|BJ586162.1|BJ586162
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|37851908|gb|BJ609916.1|BJ609916
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
EST: gi|162174854|gb|FC351646.1|FC351646
EST:     ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCAT                         GTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG
genomic: ATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttg ... gttgatgtagGTTGACAACATACAAATTCCCTTAATTATGGCGAATGGCAAAAATGATGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAACCAAGACGGAAGTTATTAAATGACAGAGTGGTGGATCTGAGTAAGGATGAAGAGATGAACATGAAGCGGTCTCCCTTATTCCATgtaagagttgttggtatcctgatggcttcggttttaagattgttatgtctaacagtctcagaaattataaattccgactttatgcaacaacccagctgaagttgtttgtaaagatgatgatatagtaccaacgtgttaaatcttacgttgatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC