Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGGAGGTTTTTGGTCCTGTAGCACCTCTTATGCGCTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacggcacatttttataatgaagcaagcgatttatttctttggtgtgttttcaatgaattaatggcagttacttctgaccaaactgctgtacct...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S279_72V6.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18335538|gb|BJ167558.1|BJ167558
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162167719|gb|FC344033.1|FC344033
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162175881|gb|FC351559.1|FC351559
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162257980|gb|FC433866.1|FC433866
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162188380|gb|FC364250.1|FC364250
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|67695860|gb|BJ956093.1|BJ956093
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37848440|gb|BJ606448.1|BJ606448
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37846799|gb|BJ604807.1|BJ604807
EST:     GAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: GAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162175611|gb|FC351003.1|FC351003
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37842855|gb|BJ600863.1|BJ600863
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37847436|gb|BJ605444.1|BJ605444
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37838258|gb|BJ596266.1|BJ596266
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|208345206|gb|DC925476.1|DC925476
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37851842|gb|BJ609850.1|BJ609850
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162167720|gb|FC344034.1|FC344034
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37842399|gb|BJ600407.1|BJ600407
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162175090|gb|FC351158.1|FC351158
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162170328|gb|FC346525.1|FC346525
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37841695|gb|BJ599703.1|BJ599703
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|162261210|gb|FC437227.1|FC437227
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|208365822|gb|DC951057.1|DC951057
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGTTGGCGTATCG
EST: gi|37851044|gb|BJ609052.1|BJ609052
EST:     CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATG                         GCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCATGGGTTGGCGTATC
genomic: CTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacg ... ggttggacagGCTTAGCAGCGTATGCCTACACAGAGAACATCGAGCAT-GGTTGGCGTATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAGGAGGTTTTTGGTCCTGTAGCACCTCTTATGCGCTTCCAGACGGATGAAGAGGCTATCAAGATGGCAAATGATACTGAATATGgtatatcacggcacatttttataatgaagcaagcgatttatttctttggtgtgttttcaatgaattaatggcagttacttctgaccaaactgctgtacct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG