Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAGAAGCGGTTGGTGCCAGGACTTACACCAGATCAATATGACGTCGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccgtttctgatcttttaaatgtattagtgccgaacgaacttagtgtgagttcataacctcaacgaacgaacttggtgtgtgctaataagctca...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_56V6.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S78_56V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA16G00590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
CTGAGAAGCGGTTGGTGCCAGGACTTACACCAGATCAATATGACGTCGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagt--------tccgtttctgatcttttaaatgtattagtgccgaacgaacttagtgtgagttcataacctcaacgaacgaacttggtgtgtgctaataagctca-
|||||| | || | || || ||        | ||  |||   |  | |   | || ||| |||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||          || | | || ||  | ||  | | || ||  | ||     | ||  | | ||  || |   ||   | ||      |      |  |  | ||| 
CTGAGAGGAGGGTCGTTCCGGGTTCGGGTGCTGAAGAATTCAAGTTTGCTTCCTTCATGTCTGTGACCCTCAGCTGTGATCATCGTGTTATAGATGgtaatcattcttaatctgctgcttattgtctatttttttttgtaaccaaaactttaagctttattttgtagc---aaaacatgataacaatacactttgttgtgttcag

upper sequence: PP1S78_56V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA07G03930.2 (Glycine max), 5'ss of exon 18
CTGAGAAGCGGTTGGTGCCAGGACTTACACCAGATCAATATGACGTCGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccgtttctgatcttttaaatgtattagtgccgaacgaacttagtgtgagttcataacctcaac--gaacgaacttggtgtgtgctaataagctca--------------
|||||| | || | || || ||        | ||  | |   |  | |   | || ||| |||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||    | ||  | ||||  |   | |  | ||    |   |  ||  ||| | |  |    || | |  |    |   |      |||||| ||    |              
CTGAGAGGAGGGTCGTTCCGGGTTCAGGTGCTGAAGAGTTCAAGTTTGCTTCCTTCATGTCTGTGACCCTCAGCTGTGATCATCGTGTTATAGATGgtaa---tcattcttaatctgctgcttcttattgtttaaactaatatttttgtaactgaaactactaagcttgttttatggtaaaacttgctaacaaaacaatttgttctgttcag

upper sequence: PP1S78_56V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv09s0002g01800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
CTGAGAAGCGGTTGGTGCCAGGACTTACACCAGATCAATATGACGTCGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagtt-ccgtttctgatcttttaaat----gtattagt-gccgaacgaacttagtgtgagttcataacctcaac--gaacgaacttggtgtgtgctaataagctca
| || ||| || | || || ||       || ||| |||   |  | | | | || ||| | || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||  |  ||   ||   | || ||     | | ||| | ||     | |    |  || |  ||   | |||   |||   || ||  | ||||   |      
CCGACAAGAGGGTTGTACCTGGCACAGGCCCTGATGAATTCAAGTTTGCCTCCTTCATGTCAGTGACACTAAGCTGTGATCATCGTGTCATTGATGgtaagtagctcttaacgagtatgtatattaagatgtgagtaggcgccttcattccaggccagcttttacatttaacacaaacactctcggcctttgcttgcag-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208389144|gb|DC945720.1|DC945720
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208372298|gb|DC948487.1|DC948487
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208363391|gb|DC946989.1|DC946989
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67696740|gb|BJ956973.1|BJ956973
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208374118|gb|DC952549.1|DC952549
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|162183543|gb|FC359017.1|FC359017
EST:     TGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: TGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|162172597|gb|FC349370.1|FC349370
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67695414|gb|BJ955647.1|BJ955647
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208370468|gb|DC952171.1|DC952171
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|208385745|gb|DC952906.1|DC952906
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|15327043|gb|BI487519.1|BI487519
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67693244|gb|BJ953477.1|BJ953477
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
EST: gi|67698433|gb|BJ958666.1|BJ958666
EST:     CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATG                         GTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC
genomic: CGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 15

CTGAGAAGCGGTTGGTGCCAGGACTTACACCAGATCAATATGACGTCGGCACTTTTATGACTGTTACAATGAGCTGTGATCATCGTGTTATTGATGgtaagttccg ... tttgtggcagGTGCTGTGGGTGCACAATGGTTGGGAGCGTTCAAGTCCTATATTGAGGACCCTGTTACTCTTATGCTGTGAGGATGCTCCTATTACTATATTCTGTCAGC




<











<


<