Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGTCGGAACGTGTTGATGAGTACAGTCTTGGAACGAGGGAGAGTCTGCAAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaattttcaaccaaccttcaaactggtggaggtccttttgctcattttatggacagggatgttgtcatagttgcacttacactggaaatgtaattggttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S15_298V6.2
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19788867|gb|BQ040971.1|BQ040971
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37830540|gb|BJ588552.1|BJ588552
EST:     GGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: GGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162170614|gb|FC347110.1|FC347110
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|7047244|gb|AW477138.1|AW477138
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162150206|gb|FC326291.1|FC326291
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37853045|gb|BJ611053.1|BJ611053
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162170613|gb|FC347109.1|FC347109
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162270703|gb|FC446316.1|FC446316
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37839057|gb|BJ597065.1|BJ597065
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162174129|gb|FC350332.1|FC350332
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37840740|gb|BJ598748.1|BJ598748
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162161340|gb|FC336766.1|FC336766
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162161341|gb|FC336767.1|FC336767
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162151628|gb|FC327757.1|FC327757
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37831389|gb|BJ589401.1|BJ589401
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162151226|gb|FC327186.1|FC327186
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|37842472|gb|BJ600480.1|BJ600480
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
EST: gi|162177637|gb|FC353223.1|FC353223
EST:     AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAG                         GCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT
genomic: AAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 11

AGAGTCGGAACGTGTTGATGAGTACAGTCTTGGAACGAGGGAGAGTCTGCAAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaatttt ... ttggttgcagGCAACAGATGTTGTTCCAAGCAATGCAAGGTCCCACACTTGCTTGTTGGCTGGCAGATTTTTGGGTGACACACAAGTCTTGGTCCGCCTATCAGTTGGCA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAGTCGGAACGTGTTGATGAGTACAGTCTTGGAACGAGGGAGAGTCTGCAAGATGCTGTACAAGCCGTAACAACAATTCTGGGGATGCAAGTTTGTGAGgtaaaattttcaaccaaccttcaaactggtggaggtccttttgctcattttatggacagggatgttgtcatagttgcacttacactggaaatgtaattggttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG